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A prevalência está estimada em aproximadamente 1/100,000.

No período neonatal, a doença manifesta-se frequentemente por um padrão respiratório irregular (taquipneia e/ou apneia episódicase nistagmo. Durante a infância, pode aparecer hipotonia. Pode desenvolver-se mais tarde ataxia cerebelosa (marcha instável e desequilíbrio). É frequente um atraso na aquisição das etapas motoras. As capacidades cognitivas são variáveis, variando desde défice intelectual grave a inteligência normal. O exame neuro-oftalmológico pode mostrar apraxia oculomotora. Em alguns casos, podem ocorrer convulsões. O exame cuidadoso da face mostra uma aparência característica: cabeça grande, fronte proeminente, sobrancelhas altas e arqueadas, epicanto, ptose (ocasionalmente), nariz antevertido com narinas proeminentes, boca aberta (que tende para uma forma oval no início, uma aparência rombóide mais tarde, e finalmente pode ter uma aparência triangular com cantos virados para baixo), protusão da língua e movimentos rítmicos da língua, e ocasionalmente orelhas de inserção baixa e rodadas posteriormente. Outras características por vezes presentes no síndrome de Joubert incluem distrofia da retina, nefronoftise, e polidactilia.

O síndrome é geneticamente heterogéneo. Até ao momento foram associados 7 genes AHI1 (6q23), NPHP1 (2q13), CEP290 (12q21), TMEM67 (8q22), RPGRIP1L (16q12), ARL13B (3p12.3-q12.3) e CC2D2A (4p15), e dois loci nos cromossomas 9q34 (JBTS1) e 11p12-q13 (CORS2/JBTS2). A transmissão é autossómica recessiva.

O diagnóstico é baseado nas principais características clínicas (hipotonia, ataxia, atraso no desenvolvimento e apraxia oculomotora), que deve ser acompanhado pela presença de uma característica neurorradiológica, designada por "sinal do dente molar" (MTS) na ressonância magnética (MRI). O MTS resulta de hipoplasia do vérmis cerebelar e malformações do mesencéfalo-rombencéfalo.

O diagnóstico diferencial inclui doenças relacionadas com o síndrome de Joubert (JSRD), malformações do vérmis cerebeloso sem MTS (que inclui a malformação de Dandy-Walker), hipoplasia cerebelosa ligada ao X, ataxia com apraxia oculomotora tipos 1 e 2 (AOA1, AOA2), doenças congénitas da glicosilação (CDG), síndrome 3-C, hipoplasias/atrofias pontocerebelares, síndromes orofaciodigitais II e III, e síndrome de Meckel-Gruber (ver estes termos).

O diagnóstico pré-natal é possível através de estudos moleculares e imagiológicos (ultrassonografia fetal e MRI). O teste pré-natal pode estar disponível para famílias em que ambas as mutações causadoras da doença tenham sido anteriormente identificadas num membro da família afectado.

O aconselhamento genético é uma ferramenta clínica importante para prevenção de novos casos, especialmente para casais com um primeiro filho afectado. O risco de ter uma criança afectada gravidezes subsequentes é de 25%.

O tratamento é sintomático e deve ser multidisciplinar. Os programas educacionais, fisioterapia e terapia ocupacional da fala podem melhorar a hipotonia e reduzir o atraso na aquisição das capacidades motoras. O seguimento dos doentes com as formas mais graves deve ser realizado num centro de referência especializado.

O prognóstico é favorável para formas moderadas da doença.