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Se ha estimado que la prevalencia del CAN es de 1/1.000.000 nacimientos. Hasta la fecha se han descrito menos de 70 casos en la literatura médica con un ratio de mujeres frente a hombres de 2,4:1.

Todos los pacientes presentan anomalías craneofaciales congénitas consistentes con el síndrome de Crouzon clásico incluyendo craneosinostosis, hipoplasia del tercio medio facial, cuencas de los ojos poco profundas con exoftalmia, fisuras palpebrales inclinadas hacia abajo e hipertelorismo, hipoplasia maxilar con nariz convexa y orejas rotadas hacia atrás. La sinostosis normalmente afecta a las suturas coronales. También se han descrito casos de cráneo en forma de hoja de trébol. Los pacientes desarrollan, además, zonas de piel aterciopelada hiperpigmentada (AN) durante la primera década de vida, encontrándose principalmente en los pliegues corporales tales como los del cuello, axilas, párpados, y las áreas perioral, inguinal y perianal. En ocasiones, el trastorno de la piel es generalizado y se desarrolla precozmente comparado con la AN clásica. Las anomalías de la unión cráneo-vertebral y vertebrales tales como las alteraciones leves de las distancias interpediculares de la columna vertebral distal son sutiles e inconstantes. Atresia o estenosis de coanas están a menudo presentes (41%), y se considera que son muy sugerentes del diagnóstico de CAN. Otros síntomas frecuentemente descritos incluyen hidrocefalia (43%), anomalías orales tales como paladar hendido (consulte este término), maloclusión dental, cementomas de la mandíbula (34%), y los nevos melanocíticos (25%). También se han descrito afectaciones en el riñón. Algunos de estos rasgos específicos son raros en pacientes con el síndrome de Crouzon clásico, siendo además infrecuentes la discapacidad intelectual, la pérdida auditiva y el retraso en el habla. La gravedad es similar en mujeres y hombres afectados.

El CAN está producido por una mutación específica, p.Ala391Glu, en el gen FGFR3 (receptor 3 del factor de crecimiento de fibroblastos) localizado en cromosoma 4p16.3, que está involucrado en la regulación de la proliferación celular, la diferenciación y la apoptosis. La AN está asociada con una estimulación inadecuada de varios receptores del factor de crecimiento de fibroblastos.

La mayoría de los casos son esporádicos, asociados con edad paterna avanzada, aunque también se han descrito casos familiares consistentes con una herencia autosómica dominante.