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Die Prävalenz bei Neugeborenen wird in den meisten ethnischen Gruppen auf etwa 1/250.000 bis 1/1.000.000 geschätzt. Die Erkrankung ist in der Slowakei und der Dominikanischen Republik häufiger, wo sie bis zu 1 von 19.000 Neugeborenen betrifft.

Viele Betroffene sind asymptomatisch und wissen bis zum Erwachsenenalter nichts von ihrer Erkrankung. Homogentisinsäureurie kann jedoch schon im Säuglingsalter durch dunkel gefärbte Windeln erkannt werden. Nach dem dritten Lebensjahrzehnt wird eine ungewöhnliche Pigmentierung der Sklera und der über dem Knorpel liegenden Haut beobachtet, sowie muskulär-skelettale Symptome wie Rückenschmerzen und Steifheit. Der Befall der großen peripheren Gelenke tritt in der Regel einige Jahre nach den Wirbelsäulenveränderungen auf und führt oft zu einer Gelenkerkrankung im Endstadium. Die ochronotische periphere Arthropathie ist in der Regel degenerativ bedingt. Ab dem vierten Jahrzehnt nimmt die Gelenkbeweglichkeit ab. Eine Ankylose kann vorhanden sein. Frakturen der Wirbel und langen Knochen sind ebenfalls möglich. Weitere Merkmale können urogenitale (z. B. Nieren-, Blasen-, Prostatasteine) und kardiale (Mitralklappenentzündung, Arrhythmien) Komplikationen sowie eine respiratorische Insuffizienz aufgrund der muskuloskelettalen Beteiligung sein.

Die Patienten sind homozygot oder compound-heterozygot für loss-of-function-Mutationen (weltweit sind mehr als 200 verschiedene Varianten beschrieben) im HGD-Gen, das für Homogentisat-1,2-Dioxygenase kodiert, ein Enzym des Phenylalanin- und Tyrosin-Katabolismusweges. Die Unfähigkeit, HGA abzubauen, führt zu dessen Akkumulation. Die Gewebeschäden entstehen durch die Ablagerung eines melaninähnlichen Pigments, das eine polymerisierte Form von BQA ist und eine hohe Affinität zum Bindegewebe hat. Dieses Pigment ist in der Lage, zahlreiche Redoxreaktionen auszulösen und die Produktion freier Radikale zu induzieren, was zu einer weiteren Schädigung des Bindegewebes führt.

Die Diagnose wird bei der klinischen Untersuchung vermutet und basiert auf der Menge an HGA, die im Urin mittels Gaschromatographie-Massenspektroskopie gefunden wird. Da sich viele Patienten ohne dunklen Urin vorstellen, kann es ratsam sein, bei allen Patienten mit radiologischen Hinweisen auf Osteoarthritis nach HGA zu suchen. Eine Röntgenaufnahme der Wirbelsäule zeigt eine Bandscheibendegeneration in Kombination mit einer dichten Verkalkung, besonders im Lendenbereich. Eine genetische Untersuchung bestätigt die Diagnose.

Die Differentialdiagnose umfasst akute intermittierende Porphyrie, rheumatoide Arthritis, ankylosierende Spondylitis und Osteoarthritis.

Die Vererbung ist autosomal-rezessiv, es besteht ein 25%iges Risiko der Krankheitsübertragung auf die Nachkommen, wenn beide Elternteile nicht betroffene Träger sind.

Die Behandlung ist palliativ. Diätetische Einschränkungen (proteinarme Diät) sind vorteilhaft, aber die Compliance ist oft begrenzt. Die medikamentöse Therapie (Paracetamol, nichtsteroidale Antirheumatika) in Verbindung mit Physiotherapie hilft, die Schmerzen zu minimieren und den Bewegungsumfang der Gelenke zu verbessern. Bei älteren Personen kann die Entfernung und Versteifung von Bandscheiben im Lendenbereich erforderlich sein. Ein Hüft- oder Kniegelenkersatz kann notwendig sein. Therapeutische Strategien, die darauf abzielen, den veränderten Phenylalanin-Tyrosin-Stoffwechselweg zu stören, wurden entwickelt (z. B. Nitisinon). Der Off-Label-Einsatz von Nitisinon verlangsamt nachweislich das Fortschreiten der Erkrankung; die langfristige Wirksamkeit und Sicherheit bei erwachsenen Patienten mit Alkaptonurie sowie das am besten geeignete Alter für die Intervention müssen jedoch noch untersucht werden (derzeit laufen eine offene klinische Studie und eine Beobachtungsstudie).

Die Lebenserwartung ist nicht signifikant reduziert, aber die Schmerzen können konstant sein und es wird ein fortschreitender funktioneller Rückgang mit einem Verlust der Mobilität beobachtet; die Patienten benötigen oft die Verwendung von körperlichen Hilfsmitteln (Gehilfen, Rollstuhl). Kardiale Komplikationen sind oft lebensbedrohlich und können die Prognose verschlechtern.