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La prevalencia se ha estimado en 1/100.000, aproximadamente.

La enfermedad tiene su inicio en el periodo prenatal, aunque la presentación clínica es típicamente en el periodo neonatal con un patrón respiratorio irregular (taquipnea y/o apnea episódica), y nistagmo. Durante la lactancia, puede aparecer hipotonía. Posteriormente puede manifestarse como ataxia cerebelosa (marcha tambaleante y desequilibrio). Es frecuente el retraso en la adquisición de los hitos motores. Las capacidades cognitivas son variables, desde grave discapacidad intelectual hasta una capacidad intelectual normal. El examen neurooftalmológico puede mostrar apraxia oculomotora. En algunos casos, se producen crisis epilépticas. Un examen facial minucioso suele mostrar un aspecto característico: cabeza grande, frente prominente, cejas arqueadas, pliegues epicánticos, ptosis (ocasionalmente), punta de la nariz elevada con narinas prominentes, boca entreabierta (que tiende a adoptar una forma ovalada al principio, un aspecto "romboide" posteriormente y, finalmente, puede parecer triangular, con las comisuras de inclinación descendente), protrusión de la lengua y movimientos linguales rítmicos, y ocasionalmente orejas de implantación baja y rotadas. Otros rasgos ocasionalmente presentes en el síndrome de Joubert son distrofia retiniana, hepatopatía, nefronoptisis y polidactilia.

El síndrome de Joubert se debe a una disfunción del cilio primario inmóvil que se encuentra en la mayoría de las células. El síndrome es genéticamente heterogéneo, con numerosos genes y dos loci en los cromosomas 9q34 (INPP5E) y 11p12-q13 (TMEM216) asociados a la enfermedad hasta la fecha. La mayoría de estos genes codifican proteínas que integran el cilio primario o proteínas reguladoras y factores de transcripción que intervienen en su desarrollo y función.

El diagnóstico se basa en las principales características clínicas (hipotonía, ataxia, retraso del desarrollo psicomotor y apraxia oculomotora), que deben ir acompañadas de la presencia de una característica neurorradiológica, conocida como el `''signo del diente molar'' (SDM) en la resonancia magnética (RM). El SDM es el resultado de la hipoplasia del vermis cerebeloso y de las malformaciones del mesencéfalo-rombencéfalo. Además, el signo clínico distintivo es la apraxia oculomotora.

El diagnóstico diferencial incluye los trastornos relacionados con el síndrome de Joubert (JSRD), las malformaciones del vermis cerebeloso sin el SDM (incluyendo la malformación de Dandy-Walker), la hipoplasia cerebelosa ligada al cromosoma X, las ataxias con apraxia oculomotora tipos 1 y 2 (AOA1, AOA2), los trastornos congénitos de la glicosilación (CDG; por sus siglas en inglés), el síndrome 3-C, las hipoplasias/atrofias pontocerebelosas, los síndromes orofaciodigital II y III, y el síndrome de Meckel-Gruber.

El diagnóstico prenatal es posible mediante pruebas genéticas cuando las dos mutaciones causantes de la enfermedad han sido previamente identificadas en un familiar afecto. Los estudios de imagen pueden sugerir la enfermedad (ecografía fetal y RM) pero no pueden utilizarse para emitir ningún diagnóstico prenatal.

La herencia es autosómica recesiva. Se recomienda proporcionar consejo genético a las familias con un hijo afecto; el riesgo de recurrencia para la futura descendencia es del 25%.

El tratamiento es sintomático y debe ser multidisciplinar. Los programas educativos, la fisioterapia, la terapia ocupacional y la logopedia pueden mejorar la hipotonía y reducir el retraso en la adquisición de los hitos motores. En general, la discapacidad neurológica y la amaurosis no son progresivas. Resulta especialmente relevante la detección de la nefronoptisis (NFP) que evoluciona a enfermedad renal crónica en alrededor del 30% de los pacientes con todos los tipos genéticos (con mayor riesgo para las mutaciones en los siguientes genes: CEP290(12q21.32), RPGRIP1L( 16q12.2), TMEM216(11q13.1), TMEM67 (8q22.1),NPHP4 (1p36.31; 1 caso), AHI1 (6q23.3)). Otro aspecto que puede determinar la progresión es la asociación con una enfermedad hepática, y en particular con fibrosis hepática que precise un trasplante de hígado.

El pronóstico es favorable en las formas moderadas de la enfermedad. En los pacientes con nefronoptisis (NFP), la enfermedad renal terminal se produce en la segunda década de la vida. La atención de los pacientes con formas más graves debe realizarse en un centro de referencia especializado. La enfermedad hepática no recurre en el hígado trasplantado.