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El síndrome de MRKH tiene una incidencia global estimada de 1/4.500 niñas nacidas vivas. La prevalencia del síndrome de MRKH tipo 2 es desconocida.

El síndrome de MRKH tipo 2 se diagnostica a menudo en la adolescencia debido a que el primer síntoma es generalmente una amenorrea primaria en mujeres jóvenes que se presenta por otra parte con un desarrollo normal de las características sexuales secundarias y genitales externos normales. Las pacientes carecen del útero y de los 2/3 superiores de la vagina. Debido a esto, se han descrito dificultades en las relaciones sexuales. Se ha descrito dolor pélvico en aquellas con restos uterinos. Dado que el útero está ausente o no es funcional, las mujeres afectadas no pueden gestar pero los ovarios son normales y funcionales. Otras malformaciones asociadas en el síndrome de MRKH tipo 2 incluyen malformaciones del tracto urinario superior (40% de los casos), agenesia renal unilateral (23-28%; consulte este término), ectopia de uno o ambos riñones (17%; consulte este término), hipoplasia renal (4%), riñón en herradura e hidronefrosis. También se han descrito anomalías esqueléticas, principalmente en la columna y con menor frecuencia en el rostro y las extremidades. Las malformaciones espinales detectadas incluyen escoliosis, anomalías vertebrales aisladas (asimétricas, fusionadas o vértebras acuñadas), síndrome de Klippel-Feil aislado y/o anomalía de Sprengel (consulte estos términos), malformación o agenesia de las costillas, y espina bífida (consulte este término). Las malformaciones del rostro y de las extremidades son principalmente braquimesofalangia, ectrodactilia, pulgar duplicado, ausencia de radio, displasia atriodigital (síndrome de tipo Holt-Horam) y asimetría facial. En el 10-25% de los casos se han detectado afectaciones auditivas, debidas a malformaciones del oído medio o defectos neurosensoriales. Las malformaciones cardiacas son muy poco frecuentes pero incluyen estenosis valvular pulmonar, tetralogía de Fallot (consulte estos términos), síndromes de Holt-Oram o de tipo velocardiofacial, ventana aortopulmonar o defectos septales atriales.

La etiología exacta del síndrome de MRKH es muy poco conocida, a pesar de que el espectro de malformaciones encontradas sugiere un defecto del desarrollo del mesodermo intermedio durante la embriogénesis (al final de la cuarta semana de vida fetal), que conduce a una alteración en el blastema de los somitas cervicotorácicos y los conductos pronéfricos. Inicialmente, se consideraba que el síndrome de MRKH era esporádico, sugiriendo el papel de factores no genéticos o ambientales. Sin embargo, nunca se ha establecido una relación entre una causa ambiental y el síndrome de MRKH. Hoy en día se sabe que el síndrome de MRKH tiene un origen genético, gracias al incremento de las descripciones de casos familiares y a numerosos estudios genéticos ya concluidos. Estos últimos han permitido desvelar varias anomalías cromosómicas asociadas con la enfermedad, tales como duplicaciones intersticiales en 1q21.1 y en Xpter-p22.32, o deleciones en 4q34-qter, 8p23.1, 10p14, 16p11.2, 17q12, 22q11.21 y Xq21.31. Estos reordenamientos genómicos afectan a numerosos genes. Se han descrito genes candidatos putativos, tales como HNF1B (17q12), LHX1 (17q12), SHOX (Xp22.33 and Yp11.32), TBX6 (16p11.2), y ITIH5 (10p14). Sin embargo, no se han podido establecer correlaciones fenotipo-genotipo.

Se sospechaba que el síndrome de MRKH (tipo 1 o tipo 2) era esporádico pero los casos familiares parecen ser heredados de modo autosómico dominante con penetrancia incompleta y expresividad variable. En estos casos familiares, el asesoramiento genético puede resultar beneficioso.