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La prevalencia estimada al nacimiento es de 1/38.500 en Europa. Sin embargo, la prevalencia al nacimiento es mayor en determinadas poblaciones como la finlandesa (1/9.000), las beduinas kuwaitíes (1/3.500), india Gujarati (1/1.300) y en Qatar (1/5.000). No se ha descrito una predisposición de género.

Los fetos afectados por el síndrome de Meckel (SMK) sobreviven, como máximo, unos pocos días o semanas, o fallecen in útero. Las principales características del SNC incluyen encefalocele occipital, hidrocefalia, anencefalia y holoprosencefalia, así como la malformación de Dandy-Walker. Los riñones poliquísticos grandes con displasia quística son un hallazgo constante del síndrome de Meckel. Con frecuencia, los pacientes presentan disgenesia y fibrosis hepática. La polidactilia puede afectar a las cuatro extremidades y es, típicamente, postaxial (80%) o, excepcionalmente, preaxial. Los individuos afectos presentan hipoplasia pulmonar secundaria al oligohidramnios. Puede observarse labio leporino y paladar hendido, microftalmia y micrognatia. Las malformaciones cardíacas pueden incluir comunicación interauricular, coartación de la aorta, ductus arterioso persistente y estenosis valvular pulmonar. En los varones es frecuente la criptorquidia y el desarrollo incompleto de los genitales internos y externos.

La etiología del SMK radica en un defecto ciliar. Este trastorno se ha asociado a mutaciones en muchos genes diferentes relacionados con los cilios, a menudo en el contexto de uniones consanguíneas. La mayoría de estos genes es responsable también del síndrome de Joubert, lo que hace pensar que el SMK es el fenotipo letal extremo del síndrome de Joubert.

El diagnóstico se puede realizar mediante ecografía fetal, que muestra encefalocele occipital y displasia renal. El diagnóstico del SMK se confirma en presencia de dos de las tres malformaciones principales o de un hallazgo clásico junto con otras dos anomalías. En algunos casos, es posible que se requiera una autopsia. El trastorno se detecta a menudo antes de la semana 14 de gestación. Las pruebas genéticas pueden resultar útiles para confirmar el diagnóstico o para orientar el consejo genético.

El diagnóstico diferencial incluye la trisomía 13, el síndrome de Bardet-Biedl, el síndrome hidroletalus y el síndrome de Smith-Lemli-Opitz.

El diagnóstico prenatal por ecografía es posible a partir de las 12 semanas de gestación. Esta prueba permite detectar encefalocele, riñones quísticos y polidactilia.

El SMK se hereda de forma autosómica recesiva. Se debe ofrecer consejo genético a las parejas de riesgo (ambos individuos son portadores de una mutación causante de la enfermedad) informándoles que existe un riesgo del 25% en cada embarazo de tener un hijo afecto.

En la actualidad, no existe ningún tratamiento disponible para el síndrome de Meckel, que es letal en todos los casos.

El MKS es letal in útero o en el período neonatal muy temprano, siendo la hipoplasia pulmonar y la insuficiencia renal las principales causas de fallecimiento prematuro.