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L'incidence annuelle à la naissance oscille autour de 1/ 20 000.

La déformation du crâne se caractérise par un raccourcissement du diamètre antéropostérieur associé à une augmentation compensatrice de la largeur bitemporale. Un abaissement supraorbitaire et une exophtalmie peuvent également être rencontrés. La brachycéphalie peut être asoociée à des anomalies faciales : hypoplasie de la partie médiane de la face, hypertélorisme léger et protubérance des fosses temporales. Une pression intracrânienne (PIC) élevée est fréquente, qui si elle n'est pas traitée, peut conduire à un déficit intellectuel. Chez les adultes, une PIC élevée s'associe à des défauts osseux en l'absence de traitement.

La part de la génétique dans le développement de la brachycéphalie non syndromique n'est toujours pas connue. Bien que la majorité des cas soit sporadique, des formes familiales (comptant pour 14% des cas) ont été rapportées, présentant, dans environ 10% des cas, un mode de transmission dominant. De plus, des mutations P250R récurrentes du gène FGFR3 (4p16.3), héritées du père, ont été identifiées dans 74% des cas familiaux mais aussi dans 17% des cas sporadiques. Parmi les patients portant la mutation P250R, les filles sont plus sévèrement et plus fréquemment atteintes que les garçons (rapport filles/garçons de 2:1) et présentent habituellement une perte légère de l'audition. Des anomalies radiologiques mineures, comme une brachydactylie ou une fusion des os métacarpiens, peuvent aussi survenir chez des individus portant la mutation du gène FGFR3. Récemment, un cas de brachycéphalie isolée avec une mutation dans le gène TWIST 1 (7p21) a été décrit, mais dans la plupart des cas restants aucune origine génétique n'a été confirmée. Divers autres facteurs pourraient être à l'origine de la maladie, dont des contraintes mécaniques pendant la grossesse et après la naissance.

Le diagnostic est basé sur l'examen clinique, les études radiologiques, la tomodensitométrie 3D et/ou l'IRM du crâne. Pour toutes les familles avec des formes non syndromiques de brachycéphalie, le criblage moléculaire est recommandé. En effet, l'issue morphologique et fonctionnelle post-opératoire semble être meilleure chez les individus ne portant pas la mutation FGFR3.

La distinction clinique entre les formes syndromiques et non syndromiques de brachycéphalie est souvent difficile à cause de la variabilité phénotypique des patients portant la mutation P250R. Malgré le fait que l'apparence du crâne de certains patients puisse évoquer les syndromes de Saethre-Chotzen ou de Pfeiffer, l'absence d'anomalies évidentes de la main et/ou des pieds est un signe de brachycéphalie non syndromique. Une protubérance marquée des fosses temporales, rencontrée principalement chez les filles portant la mutation FGFR3, pourrait orienter le diagnostic différentiel.

Le traitement de choix pour améliorer la forme du crâne et augmenter le volume intracrânien est la chirurgie reconstructrice de la voûte crânienne qui conduit habituellement à une diminution de la PIC. Une identification précoce de la perte de l'audition permet une intervention à temps lorsqu'elle est nécessaire.

Le pronostic intellectuel des patients après chirurgie d'expansion crânienne est habituellement bon. Cependant, les patients portant la mutation FGFR3 ont un risque cinq fois plus élevé de devoir subir une deuxième opération et présentent des résultats post-opératoires moins bons que les non-porteurs.