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La prévalence mondiale moyenne à la naissance de la granulomatose chronique (GC) est estimée entre 1/100 000 et 1/217 000.

Diagnostiquée le plus souvent avant l'âge de 5 ans, la GC peut se manifester à tout âge. Parmi les signes de la maladie figurent des infections récurrentes et sévères, le plus souvent causées par un groupe caractéristique de pathogènes (incluant Staphylococcus aureus et Aspergillus spp), ainsi que des lésions granulomateuses, situées principalement au niveau des poumons, des ganglions lymphatiques, des voies gastro-intestinales et du foie. Jusqu'à 50 % des patients présentent une diarrhée, une douleur abdominale et un retard de croissance staturo-pondérale. La pneumonie, des abcès, la cellulite, l'adénite et l'ostéomyélite sont fréquents. Les maladies mycobactériennes se limitent généralement à la tuberculose ou à des infections régionales et disséminées par le Bacille de Calmette et Guérin (BCG). Les infections fongiques invasives sont fréquentes. Une réponse inflammatoire déréglée et la formation de granulomes peuvent conduire à des lésions choriorétiniennes, une sténose pyloro-duodénale fonctionnelle, une maladie inflammatoire de l'intestin (MII) et une déhiscence des plaies. La plupart des femmes porteuses sont asymptomatiques (sauf si plus de 80 % de leurs neutrophiles sont non fonctionnels). Certains patients peuvent présenter des maladies auto-immunes, telles qu'un lupus érythémateux discoïde et un syndrome des antiphospholipides.

La granulomatose chronique est causée par des mutations dans l'un des six gènes codant pour les sous-unités du nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (NADPH) oxydase du phagocyte et une autre protéine stabilisatrice essentielle. Une mutation du gène CYBB (Xp21.1) est rapportée dans 65 % des cas en Amérique du nord et en Europe occidentale. Les autres 35 % des cas sont dus à des mutations des gènes CYBA (16q24), NCF1 (7q11.23), NCF2 (1q25) et NCF4 (22q13.1). Une anomalie du complexe enzymatique NAPDH oxydase conduit à une réduction de la production des espèces réactives de l'oxygène (utilisées par les phagocytes pour tuer les bactéries et les champignons). L'infection ou la MII surviennent plus précocement dans la forme de la maladie liée à l'X par rapport à celle liée à NCF1. A ce jour, seule la MII a été associée à la forme liée à NCF4, pas les infections sévères.

Le diagnostic est suspecté devant le tableau clinique et confirmé par les analyses biologiques. Les tests d'oxydation au nitro-blue tétrazolium (NBT) ou à la dihydro-rhodamine (DHR) mesurent la production de superoxydes par les neutrophiles, via le complexe NADPH oxydase qui est absent ou très réduit. Des tests de génétique moléculaire peuvent être pratiqués pour confirmer le diagnostic et identifier la sous-unité spécifique affectée, mais ils ne sont pas nécessaires, sauf si une thérapie génique ou une transplantation allogénique sont prévues. L'analyse par Western blot peut confirmer l'absence de la sous-unité spécifique du complexe NADPH oxydase qui est concernée.

Le diagnostic différentiel vise à écarter la mucoviscidose, la maladie de Crohn, le syndrome hyper-IgE, l'aspergillose broncho-pulmonaire allergique, le déficit en glutathion synthétase et la lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire. Le déficit en myéloperoxydase doit aussi être exclu du fait des résultats faux positifs pour le test de la DHR.

Le diagnostic prénatal est possible dans les familles présentant une mutation causale de la maladie.

La granulomatose chronique suit un mode de transmission lié à l'X chez les patients porteurs d'une mutation de CYBB. Elle peut aussi se transmettre de manière autosomique récessive (quand elle est causée par des mutations de CYBA, NCF1, NCF2 et NCF4). Le conseil génétique est possible lorsque le gène causal a été identifié dans la famille.

La prophylaxie antibactérienne et antifongique est essentielle pour prévenir les infections observées chez les personnes atteintes. L'administration toute au long de la vie, par prises quotidiennes, de triméthoprime-sulfaméthoxazole (antibactérien) et d'itraconazole (antifongique) est recommandée. L'interféron gamma est aussi recommandée, administrée trois fois par semaine. De plus en plus indiquée, la transplantation de cellules souches hématopoïétiques est une solution thérapeutique curative. La thérapie génique a donné de bons résultats dans quelques cas et se développe. En cas d'infections sévères, la transfusion de granulocytes est parfois indiquée.

Le pronostic s'est considérablement amélioré grâce à la prophylaxie antibactérienne et antifongique. La plupart des patients vivent bien jusqu'à l'âge adulte.