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La prévalence est inconnue.

Le tableau clinique est hautement variable, allant de la masculinisation partielle avec ambiguïté génitale à la naissance au morphotype complètement masculin ou complètement féminin. Le signe le plus fréquent de la DG mixte est le développement asymétrique des testicules, avec souvent d'un côté une dysgénésie testiculaire, et de l'autre côté une gonade réduite à une bandelette fibreuse. L'asymétrie peut aussi toucher les organes génitaux externes (OGE) et internes (OGI). Les enfants assignés au sexe masculin peuvent avoir une cryptorchidie, une dysgénésie testiculaire partielle et un hypospadias; il existe en général une persistance des structures müllériennes. Les enfants assignées au sexe féminin ont un degré variable de masculinisation et des signes du syndrome de Turner sont possibles (voir ce terme); l'utérus est de taille variable et les OGI sont plus ou moins différentiés. Dans les deux sexes, une petite taille est possible et les gonades dysgénésiques sont à haut risque de gonadoblastomes et dysgerminomes (voir ces termes). Le développement psychomoteur est normal.

En général, les enfants atteints de DG mixte ont un caryotype mixte 45,X/46,XY; le morphotype des gonades et des OGE dépend de la proportion des cellules monosomiques. Les lignées cellulaires 45,X comportent souvent des remaniements du chromosome Y (en général dicentrique et en anneau) qui peuvent aussi retentir sur le morphotype. Tous les cas de DG mixte sont sporadiques. Plusieurs corrélations génotype-morphotype ont été établies: l'expression partielle du gène SRY (avec une dysgénésie testiculaire partielle donc une insuffisance en testostérone d'où un défaut de masculinisation), la présence du locus du gonadoblastome TSPY1 sur le chromosome Y chez la fille (avec une propension aux tumeurs malignes) et l'effet de dosage du gène SHOX (avec une petite taille). Le développement de l'utérus est dû au manque de production de l'hormone antimüllérienne.

Le diagnostic repose sur l'examen cytogénétique qui permet d'analyser le statut chromosomique. L'analyse du caryotype peut être faite en période prénatale sur prélèvements de chorio- ou amniocentèse, en période postnatale devant une ambiguïté génitale, ou plus tard dans la vie devant des troubles de la fertilité.

Les diagnostics différentiels sont la DG partielle à 46,XY et les formes syndromiques de DG à 46,XY (telles que le syndrome de Frasier, la dysplasie campomélique et l'ADS à 46,XY avec insuffisance surrénalienne; voir ces termes).

Le diagnostic prénatal est possible si une malformation génitale a été détectée par l'imagerie.

Quand le diagnostic prénatal de mosaïcisme 45,X/46,XY est posé, un conseil génétique doit être proposé aux parents mais il est complexe à cause du large spectre phénotypique associé à cette anomalie.

La prise en charge de l'ambiguïté génitale est pluridisciplinaire et elle doit être faite par un centre dédié aux ADS; elle implique la prise de décisions éclairées pour l'assignation du sexe et l'organisation des interventions. La chirurgie de reconstruction génitale doit être réalisée en son temps. Si le sexe assigné est féminin, une gonadectomie est recommandée à cause du haut risque de gonadoblastome. Si le sexe assigné est masculin, une orchidopexie est nécessaire pour fixer les testicules au scrotum et une biopsie est recommandée à la puberté. La gonade la plus dysgénésique doit être réséquée. Le haut risque de malignité impose une surveillance échographique. Un traitement par hormone de croissance peut être envisagé en cas de petite taille.

L'évolution clinique et psychologique dépend de la qualité des soins et de l'assistance prodigués.