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Sa prévalence estimée est comprise entre 1 et 10,7 cas pour 142 860 naissances. Ce syndrome est beaucoup plus fréquent en Finlande, où sa prévalence à la naissance est de 1 pour 9 000 et où la fréquence de la mutation est de 1%.

La polydactylie est le plus souvent post-axiale (6ème doigt), mais peut parfois être pré-axiale (duplication du pouce). Une incurvation des os longs des membres est présente dans un cas sur 6. D'autres anomalies peuvent être présentes, et notamment une fente labio-palatine, une anophtalmie ou une microphtalmie, une atrésie de l'urètre et des malformations du coeur et des organes génitaux.

Trois loci ont été cartographiés : MKS1 sur le chromosome 17q, MKS2 sur le 11q, et MKS3 sur le 8q. La comparaison des tableaux cliniques des cas familiaux liés à des mutations des gènes MKS3, MKS1 et MKS2 suggère que la polydactylie (et peut-être l'encéphalocèle) sont moins fréquentes dans les cas liés à MKS3.

Le syndrome de Meckel est le syndrome le plus souvent diagnostiqué en cas de malformations associées à des anomalies du tube neural. La dysplasie rénale kystique est un critère obligatoire pour établir le diagnostic. La fibrose hépatique et l'encéphalocèle occipitale, ainsi que d'autres malformations du système nerveux central (par exemple la malformation de Dandy-Walker), sont des critères de diagnostic mineurs.

Un diagnostic prénatal peut être réalisé à partir d'une image de kyste anéchogène intracrânien et/ou d'une malformation crânienne à la fin du premier trimestre, ou encore en présence de reins anormalement gros. Les autres caractéristiques du syndrome peuvent être décelées plus tardivement à l'échographie. L'amniocentèse peut révéler un taux élevé d'alpha-foetoprotéine amniotique dû à l'encéphalocèle.

Le syndrome de Meckel se transmet sur le mode autosomique récessif. Le conseil génétique a pour objectif d'informer les parents d'un individu atteint que le risque de récurrence est de 25% pour les grossesses ultérieures.

Si la grossesse est menée à terme, le syndrome est fatal en période périnatale.