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La prévalence du RTT atypique est estimée à environ 1/45 000 si l'on se base sur les études qui montrent que 32 % des cas de RTT ont un phénotype atypique. Comme le RTT classique, le syndrome de Rett atypique affecte préférentiellement les filles.

Les formes atypiques présentent un tableau clinique soit plus modéré, soit plus sévère que les formes classiques. Plusieurs formes du RTT atypique ont été définies : i) la forme avec convulsions de début précoce (type Hanefeld) est caractérisée par la survenue de convulsions dès les premiers mois de vie et l'apparition plus tardive des signes de RTT. ii) le type congénital (type Rolando) est la forme la plus sévère de RTT atypique, avec des manifestations caractéristiques du RTT classique durant les premiers trois mois de vie. iii) la `forme fruste' est une variante moins sévère, avec un début dans la petite enfance et une évolution incomplète et étendue. iv) la forme avec régression dans l'enfance est caractérisée par un périmètre crânien normal et par un début plus progressif et tardif de la régression du langage et des capacités motrices. v) la variante préservant le langage (type PSD ou Zappella) est caractérisée par la récupération de certaines capacités verbales et manuelles.

La forme avec convulsions de début précoce (type Hanefeld) est fréquemment due à des mutations du gène lié à l'X CDKL5 (Xp22). Une translocation impliquant le gène NTNG1 (1p13.2-p13.1) a également été identifiée chez un patient avec des convulsions précoces et un RTT atypique. Le type congénital (type Rolando) est en général dû à des mutations du gène FOXG1 (14q11-q13). Un syndrome de microdélétion impliquant une délétion interstitielle 14q12 a également été décrite avec un phénotype similaire, mais avec en plus une dysmorphie faciale. La variante préservant le langage (type PSD ou Zappella) est due, dans au moins quelques cas, à des mutations du gène MECP2 (Xq28), également responsables de la majorité des cas de RTT classique.

Le diagnostic repose sur une évaluation clinique à partir des critères diagnostics du RTT classique définis par Hagberg en 1994 : un cas atypique doit présenter au moins trois de ces six principaux critères et au moins cinq des onze critères accessoires. Une analyse moléculaire peut aider à confirmer le diagnostic.

Le diagnostic différentiel inclut le syndrome d'Angelman, l'autisme, la paralysie cérébrale, les erreurs innées du métabolisme et le déficit intellectuel sévère (voir ces termes).

Un conseil génétique doit être proposé et un test prénatal est disponible pour les femmes apparentées à un cas index, qui seraient asymptomatiques par une inactivation biaisée de l'X.

Actuellement, il n'y a pas de traitement spécifique pour le RTT atypique. Le traitement est symptomatique. Il est requis pour les irrégularités du rythme respiratoire, les troubles du sommeil (mélatonine), l'agitation (risperidone), la rigidité (carbidopa, levodopa) et les difficultés motrices. Les antiépileptiques peuvent être utilisés pour traiter les convulsions. Des médicaments anti-reflux peuvent aussi être nécessaires.

L'évolution du syndrome RTT atypique varie d'un enfant à l'autre selon l'âge du début et la sévérité des symptômes. Malgré la multitude de symptômes, la plupart des individus avec un RTT vivent jusqu'à l'âge adulte et plus.