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À ce jour, plus de 150 cas de syndrome de Coffin-Siris (SCS) confirmés par tests génétiques ont été rapportés en clinique. La prévalence et l'incidence exactes sont inconnues mais la maladie est probablement sous-diagnostiquée.

Sur le plan clinique et génétique, le SCS est une maladie hétérogène, dont les signes cliniques majeurs et mineurs varient considérablement. Les signes caractéristiques majeurs incluent : retard de développement ou retard cognitif léger à sévère (chez tous les patients), hypoplasie ou aplasie de la phalange distale/de l'ongle du cinquième doigt (présente à la naissance chez pratiquement tous les patients) et traits de visage plutôt grossiers (généralement observés au fil du temps). Les traits faciaux distinctifs incluent sourcils épais et cils longs, pont nasal large, large bouche avec lèvres supérieure et inférieure épaisses et éversées, et position ou forme des oreilles anormales. Les signes mineurs courants sont : petite taille, retard de croissance, difficultés à s'alimenter, microcéphalie, manifestations ophtalmologiques (cataracte, ptosis, strabisme), anomalies cardiaques (communication interventriculaire ou interauriculaire, tétralogie de Fallot, persistance du canal artériel), hypertrichose (bras, visage, dos) et cheveux clairsemés. On peut citer également : atteinte neurologique (malformation de Dandy-Walker, simplification gyrale, agénésie du corps calleux, crises convulsives et hypotonie), perte auditive, laxité articulaire, malformations génito-urinaires et rénales, et infections fréquentes. Un retard de développement et une scoliose apparaissent dans la petite enfance et l'enfance.

Une mutation hétérozygote ou un réarrangement génomique dans les neuf gènes suivants sont à l'origine du SCS (par ordre de proportion décroissante chez les cas rapportés) : ARID1B (6q25.3), SMARCA4 (19p13.3), SMARCC2 (12q13.2), ARID1A (1p36.11), SOX11 (2p25.2), DPF2 (11q13.1), SMARCB1 (22q11.23),SMARCE1 (17q21.2) et ARID2 (12q12). Ces gènes codent pour les sous-unités du complexe BAF, impliqué dans la régulation de l'expression des gènes lors du développement.

Il n'existe à ce jour aucun critère clinique bien défini pour aider au diagnostic. En règle générale, le diagnostic repose sur la présence des signes cliniques majeurs et d'au moins un signe clinique mineur, et peut être confirmé par un dépistage génétique moléculaire des gènes responsables. Des études récentes ont montré que l'hypoplasie ou l'aplasie de la phalange distale/de l'ongle du cinquième doigt ne sont pas des manifestations systématiques. Des microdélétions englobant ARID1B ont été rapportées.

Le diagnostic différentiel vise à écarter le syndrome de Nicolaides-Baraitser, le syndrome de brachymorphie-onychodysplasie-dysphalangie, le syndrome DOORS, le syndrome d'hyperphosphatasie-déficience intellectuelle, le syndrome de Borjeson-Forssman-Lehmann, le syndrome de Wiedemann-Steiner, le syndrome de Rubinstein-Taybi et le syndrome de Cornelia de Lange. L'embryofoetopathie à la phénylhydantoïne peut ressembler au SCS.

La majorité des mutations étant de novo, le diagnostic prénatal peut être difficile à établir.

Une transmission autosomique dominante a été rapportée pour les troubles liés à ARID1B, mais la majorité des cas sont dus à des mutations de novo. Un conseil génétique devrait être proposé aux patients porteurs de la mutation responsable de la maladie, les informant que le risque de transmettre la mutation à leur descendance est de 50 %.

La prise en charge consiste essentiellement en un traitement symptomatique et de soutien. Ergothérapie, kinésithérapie et orthophonie sont recommandées. Il convient de surveiller étroitement le développement et l'alimentation des patients, qui doivent faire l'objet d'examens ophtalmologiques et audiologiques réguliers.

Le pronostic est défavorable chez les patients atteints d'une forme sévère. Une pneumonie d'inhalation et des crises convulsives ont été rapportées chez l'enfant. Le développement de tumeurs a été rapporté (dont schwannomatose).