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La prevalenza non è nota. Sono stati descritti meno di 150 casi, ma la malattia è probabilmente sottostimata.

La sindrome IPEX si sviluppa di solito nei primi giorni o nelle prime settimane di vita e interessa esclusivamente i maschi. Si manifesta con la triade sequenziale composta da enteropatia, malattia autoimmune e interessamento cutaneo, anche se i segni clinici e la gravità della malattia possono variare considerevolmente da paziente a paziente. L'enteropatia autoimmune grave si presenta con diarrea secretoria intrattabile, che esita nel malassorbimento, nello squilibrio elettrolitico e nel ritardo della crescita. Possono inoltre essere presenti il vomito, l'occlusione intestinale, la gastrite o la colite. I pazienti presentano anche endocrinopatie autoimmuni, diabete mellito per lo più insulino-dipendente (DM tipo 1), tiroidite che esita in ipotiroidismo o ipertiroidismo. L'interessamento della cute consiste in un'eruzione pruriginosa diffusa simile all'eczema, alla psoriasi e/o alla dermatite esfoliativa o atopica. Meno spesso si osserva alopecia od onicodistrofia. I pazienti possono sviluppare citopenie autoimmuni, trombocitopenia, anemia emolitica e neutropenia. Il quadro autoimmune può comprendere anche la polmonite, l'epatite, la nefrite, la miosite, la splenomegalia e/o la linfadenopatia. Possono svilupparsi infezioni locali o sistemiche (polmonite, infezioni da Staphylococcus aureus, candidosi), dovute a perdita della barriera cutanea e intestinale, terapie immunosoppressive, o secondarie al ridotto apporto nutrizionale da immunodeficienza primitiva).

La sindrome IPEX è causata dalle mutazioni nel gene FOXP3 (Xp11.23). Il gene codifica per un fattore di trascrizione "forkhead", che controlla lo sviluppo e la funzione delle cellule T regolatorie CD4+ CD25+, una significativa popolazione linfocitaria coinvolta nell'iporegolazione della risposta immunitaria e dell'autotolleranza.

La diagnosi si basa sull'esame clinico, sulla storia familiare e sugli esami di laboratorio, che evidenziano l'enteropatia autoimmune (autoanticorpi anti-enterociti, anti-armonina e anti-villina), il DM tipo 1 (anticorpi diretti contro l'insulina, le cellule delle isole pancreatiche, o la decarbossilasi dell'acido glutammico), la tiroidite (anticorpi anti-tireoglobulina e anti- perossidasi microsomiale) e la citopenia (anticorpi anti-piastrine e anti-neutrofili, test di Coombs positivo). La diagnosi è confermata dall'analisi molecolare.

La diagnosi differenziale si pone con le sindromi di Wiskott-Aldrich e Omenn, il deficit di STAT1, il deficit di CD25, il deficit di IL10R, il deficit di STAT5b, il diabete neonatale transitorio, l'immunodeficienza combinata grave e le forme intermedie dell'immunodeficienza combinata, la trombocitopenia legata all'X e l'agenesia o l'ipoplasia pancreatica (si vedano questi termini).

È possibile la diagnosi prenatale sui villi coriali, dopo avere definito il sesso del feto con l'analisi del cariotipo, nelle famiglie in cui è nota la mutazione responsabile della malattia.

La trasmissione è recessiva legata all'X. La probabilità di trasmettere la malattia è del 50%, se il feto è maschio. Il 50% delle femmine sono portatrici.

Il solo trattamento curativo per la IPEX è il trapianto con cellule staminali ematopoietiche (HSCT), che ha maggiori possibilità di successo se effettuato nelle fasi iniziali della malattia. Le misure di supporto comprendono la monoterapia o la terapia immunosoppressiva combinata con glucocorticoidi (prednisone e metilprednisolone), la ciclosporina A (CSA), il tacrolimus, l'azatioprina, la rapamicina, l'insulina per tutta la vita e la supplementazione di ormone tiroideo in caso di insufficienza di organo, la CSA topica per i sintomi cutanei e l'alimentazione parenterale nei casi gravi di enteropatia.

In assenza di diagnosi e trattamento tempestivo, la malattia è di solito letale nei primi due giorni di vita. Alcuni pazienti riescono a raggiungere l'infanzia. Con il HSCT, l'aspettativa di vita può essere normale, anche se le difficoltà alimentari possono persistere per molti mesi dopo l'intervento. Lo sviluppo neurologico è normale.