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La prevalenza media alla nascita è stata stimata in 1/217.000 a livello mondiale.

La CGD può manifestarsi in tutte le età, ma di solito viene diagnosticata prima dei 5 anni. I segni clinici comprendono le infezioni gravi e ricorrenti, molto spesso causate da uno specifico gruppo di patogeni (Staphylococcus aureus e Aspergillus spp), le lesioni granulomatose, per lo più localizzate ai polmoni, ai linfonodi, al tratto gastrointestinale e al fegato. Fino al 50% dei pazienti presenta diarrea, dolore addominale e ritardo della crescita. Sono comuni la polmonite, gli ascessi, la cellulite, l'adenite e l'osteomielite. Le malattie micobatteriche si limitano di solito alla tubercolosi o alle infezioni, localizzate o disseminate, da bacillo di Calmette-Guérin (BCG). Sono comuni le infezioni micotiche invasive. Una risposta infiammatoria deregolata e la formazione di granulomi possono causare lesioni corioretiniche, l'ostruzione funzionale gastro-duodenale, la malattia infiammatoria dell'intestino (IBD) e la deiscenza delle ferite. Nella maggior parte dei casi, le femmine portatrici sono asintomatiche (se >80% dei neutrofili è disfunzionale). In alcuni casi, possono insorgere malattie autoimmuni, come il lupus eritematoso discoide e la sindrome da antifosfolipidi (si vedano questi termini).

La CGD è causata dalle mutazioni in uno dei 5 geni che codificano le subunità della nicotinamide adenina dinucleotide fosfato (NADPH) ossidasi fagocitica. Nel 65% dei casi in Nord America e nell'Europa occidentale, è stata osservata una mutazione del gene CYBB (Xp21.1). Il 35% dei casi è causato dalle mutazioni dei geni CYBA (16q24), NCF1 (7q11.23), NCF2 (1q25), e NCF4 (22q13.1). Il deficit del complesso enzimatico NADPH-ossidasi causa una riduzione della produzione di specie reattive dell'ossigeno (utilizzate dai fagociti per eliminare i batteri e i funghi). La forma legata all'X della CGD si manifesta caratteristicamente con un'infezione o una IBD ad esordio più precoce rispetto a quello osservato nella forma correlata a NCF1. Finora, la forma correlata a NCDF4 è stata associata esclusivamente alla IBD, ma non alle infezioni gravi.

La diagnosi viene sospettata in base ai segni clinici ed è confermata dalle analisi di laboratorio. I test di ossidazione della diidrorodamina (DHR) o del nitroblu tetrazolio (NBT) misurano la produzione di superossido da parte del complesso NADPH-ossidasi dei neutrofili, che è assente o fortemente ridotta. L'analisi mediante Western blot può confermare l'assenza della specifica subunità del complesso NADPH-ossidasi. Anche se non necessaria, l'analisi molecolare può essere utilizzata per confermare la diagnosi.

La diagnosi differenziale si pone con la fibrosi cistica, la malattia di Crohn, la sindrome da iper-IgE, l'aspergillosi broncopolmonare allergica, il deficit di glutatione-sintetasi, e la linfoistiocitosi emofagocitica secondaria (si vedano questi termini). Inoltre, deve essere escluso il deficit di mieloperossidasi (si veda questo termine), in quanto rappresenta un falso positivo per il test di ossidazione della diidrorodamina (DHR).

La diagnosi prenatale è possibile nelle famiglie con mutazioni note nei geni-malattia.

La CGD ha una trasmissione legata all'X nei pazienti con mutazione di CYBB. La trasmissione può essere autosomica recessiva da mutazione dei geni CYBA, NCF1, NCF2 e NCF4. La consulenza genetica è possibile nelle famiglie in cui è stato identificato un gene causativo.

La profilassi antibatterica e antimicotica è essenziale per la prevenzione delle infezioni. Si raccomandano dosi giornaliere, a vita, di trimetoprim-sulfametoxazolo (antibatterico) e itraconazolo (antimicotico). Si raccomanda inoltre la somministrazione dell'interferon gamma in tre dosi settimanali. Il trapianto di cellule staminali ematopoietiche può essere curativo ed sempre più utilizzato. In presenza di infezioni gravi, possono essere utilizzate le trasfusioni di granulociti.

La prognosi è migliorata considerevolmente con la terapia profilattica antibatterica e antimicotica, che permettono alla maggior parte dei pazienti di vivere una vita normale fino all'età adulta