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La prevalenza a livello mondiale non è nota. La prevalenza fra i nati vivi è stata stimata in Portogallo 1/123.000, in Giappone 1/252.500, nei Paesi Bassi 1/625.000, in Irlanda 1/64.000. È stato riportato un effetto del fondatore nella regione Sanguenay-Lac-St-Jean del Québec.

I neonati presentano alla nascita ipotonia, ritardo della crescita ed anomalie scheletriche gradualmente ingravescenti, con deviazione ulnare delle mani e dita larghe e incurvate, cifosi, lussazione dell'anca, piedi torti e ossa lunghe deformate. Alla nascita la mobilità delle articolazioni della spalla è ridotta. In casi gravi di MLII, è stato osservato alla nascita un iperparatiroidismo transitorio. Subito dopo la nascita si evidenzia viso piatto, orbite poco profonde con proptosi oculare, radice del naso depressa, bocca prominente e ipertrofia gengivale. La cute è rigida e spessa, in particolare intorno ai lobi delle orecchie. Lo sviluppo motorio è ritardato e quello cognitivo è inferiore alla norma. I tratti del volto sono grossolani e progressivamente ingravescenti. La crescita postnatale di solito si arresta nel secondo anno di vita, quando si sviluppano contratture articolari. La maggior parte dei pazienti non è in grado di camminare. A livello cardiaco si osserva spesso ispessimento e insufficienza delle valvole mitrale o aortica. La voce è rauca e il respiro rumoroso, a causa del restringimento progressivo delle vie aeree; l'ispessimento e l'irrigidimento delle mucose di tutti i tessuti connettivi e il coinvolgimento cardiaco portano all'insufficienza cardiorespiratoria.

La MLII è dovuta alle mutazioni del gene GNPTAB (12q23.3), che codifica per le subunità alfa e beta del complesso N-acetilglucosamina-fosfotransferasi. Le mutazioni di questo gene causano un difetto della sintesi del mannosio-6-fosfato, il marcatore delle catene laterali di glicano tipo oligomannosio degli enzimi lisosomiali, che orienta gli enzimi verso i lisosomi delle cellule del tessuto connettivo. La patogenesi della MLII si caratterizza per un difetto della funzione lisosomiale (più che per un deposito vero e proprio di prodotti non digeriti).

La diagnosi si basa sull'esame clinico/radiologico e sul dosaggio enzimatico nel plasma. Le radiografie rivelano osteopenia progressiva e disostosi multiple (allargamento diafisario e accorciamento delle ossa tubolari, configurazione anteriore-inferiore ad uncino della prima e/o della seconda vertebra lombare, e ossa pubiche e ischiatiche relativamente lunghe). I livelli delle idrolasi lisosomiali nel plasma e degli altri liquidi del corpo sono 5-20 volte superiori alla norma. La diagnosi è confermata dallo screening molecolare per le mutazioni del gene GNPTAB. Sono possibili, ma non sempre disponibili nella prassi comune, il saggio del difetto enzimatico, la valutazione delle inclusioni citoplasmatiche e dell'aumento dei livelli degli oligosaccaridi nelle urine.

Le diagnosi differenziali si pongono con la sindrome di Hurler, la gangliosidosi GM1 tipo 1, la forma infantile della galattosialidosi, la sialidosi tipo 2, la forma infantile della malattia da deposito di acido sialico libero, il rachitismo ipocalcemico, e la MLIII. In molti casi, la displasia di Pacman (si veda questo termine) rappresenta l'espressione prenatale della MLII.

La diagnosi prenatale è possibile per le famiglie con mutazioni note nel gene-malattia.

La MLII ha una trasmissione autosomica recessiva ed è possibile la consulenza genetica.

Al momento non è disponibile una cura risolutiva per la MLII ed il trattamento è sintomatico. Possono portare benefici i programmi interattivi mirati alla stimolazione dello sviluppo cognitivo, le terapia a "basso impatto" (come l'idroterapia) e l'ergoterapia e/o la logopedia. Nei casi in cui è presente forte dolore e infezioni alla bocca, può essere considerata la gengivectomia. In alcuni pazienti, possono rendersi necessari il supporto respiratorio e la ventilazione assistita. I neonati e i lattanti devono essere sottoposti a regolari follow-up (ogni 3 mesi) per monitorare la funzione cardiaca e polmonare, a partire dalla prima infanzia a cadenza annuale.

La prognosi è sfavorevole e l'esito è letale (per lo più per insufficienza cardiorespiratoria) molto spesso durante l'infanzia.