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La prevalenza non è nota; sono stati pubblicati oltre 100 casi di NAFD.

La NAFD è caratterizzata da anomalie mandibolo-facciali, che comprendono rime palpebrali oblique verso il basso, ptosi delle palpebre superiori, coloboma delle palpebre inferiori, ipoplasia del terzo medio-due terzi delle ciglia delle palpebre inferiori, ipoplasia delle regioni malari e degli zigomi, ipoplasia mascellare, palatoschisi, assenza o ipoplasia del velo palatino, atresia delle coane, presenza di una proiezione ''a lingua" dei capelli a partenza dalle regioni temporali lungo i lati delle guance. È rara la labioschisi. I difetti degli arti sono prevalentemente preassiali: l'ipoplasia o l'agenesia dei pollici è il difetto più caratteristico e si associa spesso alla sinostosi radio-ulnare e/o all'aplasia/ipoplasia del radio. Inoltre, sono stati osservati pollici trifalangei e altre anomalie delle dita e, in una piccola percentuale dei pazienti, malformazioni degli arti inferiori. Le anomalie dell'apparato uditivo e della cavità orale spesso causano sordità conduttiva bilaterale, difficoltà del linguaggio e ostruzione delle vie respiratorie superiori. La maggior parte dei pazienti ha una vista e un'intelligenza normali.

In circa il 50% dei pazienti sono presenti mutazioni eterozigoti del gene SF3B4 (1q21.2), che codifica per una componente del meccanismo di splicing.

La diagnosi si basa sull'esame fisico e radiologico o sull'individuazione di una mutazione di SF3B4.

La diagnosi differenziale si pone con le sindromi con disostosi mandibolo-facciale, come la sindrome di Treacher-Collins, e le altre disostosi acrofacciali (AFD), come la AFD tipo Catania, l'AFD tipo Palagonia, l'AFD tipo Genee-Wiedemann, l'AFD tipo Rodriquez, nonché la disostosi mandibolo-facciale con microcefalia (si vedano questi termini). Inoltre, i pazienti con lo spettro oculo-auriculo-vertebrale (OAV; si veda questo termine) possono presentare segni sovrapponibili.

La diagnosi prenatale può essere effettuata con l'ecografia o con l'analisi molecolare del gene SF3B4.

È probabile che la sindrome di Nager sia geneticamente eterogenea con una trasmissione confermata di tipo autosomico dominante; una trasmissione autosomica recessiva è stata sospettata in base all'evidenza di una ricorrenza della sindrome tra i fratelli di famiglie consanguinee. La consulenza genetica richiede un attento esame clinico dei genitori e dei fratelli di un bambino affetto, per verificare se la malattia sia familiare o sporadica. Se un genitore è affetto in forma lieve, il rischio di ricorrenza è del 50%, ma un rischio del 25% non può essere escluso, quando i genitori sono apparentemente normali.

La presa in carico deve focalizzarsi sul distress respiratorio neonatale (tracheostomia) e sulle difficoltà di alimentazione (gastrostomia). La chirurgia può essere presa in considerazione per la riparazione delle schisi, per la presa in carico della micrognatia grave e della disfunzione dell'articolazione temporo-mandibolare. Possono essere proposte protesi acustiche. Il linguaggio e la compromissione fonologica devono essere trattati con interventi specifici di logopedia.

Dopo l'infanzia, la maggior parte dei pazienti gode di buona salute e ha una vita apparentemente normale. Le eventuali complicazioni riguardano soprattutto l'ostruzione delle vie aeree o la disfunzione dell'articolazione temporo-mandibolare nei casi con malformazioni mandibolari più gravi.