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L'incidence du syndrome est estimée entre 1/12 000 et 1/15 000 naissances vivantes.

Le syndrome montre un tableau clinique variable, dépendant des anomalies qui y sont associées, même au sein d'une même famille. Il se manifeste au cours de la période néonatale, avec une cyanose due à l'atrésie choanale (60-70% des cas, l'atrésie peut être osseuse ou membranaire, unilatérale ou bilatérale), et/ou une cardiopathie cyanogène (75-80% des cas, malformations cardiaques conotroncales, arcs aortiques anormaux ; voir ces termes). Le colobome, le plus souvent rétinien, est présent dans 75 à 90% des cas, et peut être associé à une microphtalmie et conduire à une perte de la vision. Des anomalies auditives (95-100% des cas) incluent des oreilles basses implantées ou une oreille externe en forme de conque avec le cartilage du pavillon externe déficient et une conque triangulaire, des malformations des osselets de l'oreille moyenne, conduisant à des otites moyennes séreuses chroniques et à une surdité neurosensorielle. Des anomalies des nerfs crâniaux sont fréquentes et incluent des anomalies des nerfs olfactifs, faciaux, auditifs, vestibulaires et de ceux impliqués dans la déglutition. Des altérations du système nerveux central (SNC) impliquent une atrophie cérébrale, une agénésie du corps calleux, des anomalies de la fosse cérébrale postérieure et une hypoplasie cérébelleuse. Une hypoplasie génitale et un retard de la puberté sont observés. Un retard de croissance staturo-pondérale est souvent lié aux troubles sévères de la succion/déglutition. Un retard moteur (dû à des troubles de l'équilibre), un retard de langage et de la motricité fine sont aussi notés. La dysmorphie faciale est caractérisée par un visage carré, un front et une racine nasale proéminents, et une asymétrie due à la paralysie faciale. Des malformations des voies aériennes supérieures (laryngomalacie et trachéomalacie congénitales ; voir ces termes), une fistule trachéo-oesophagienne (FTO) et un reflux gastro-oesophagien sont communs. Des altérations endocriniennes (déficit en hormone de croissance, hypogonadisme hypogonadotrope) et des anomalies immunitaires (déficit immunitaire combiné sévère (voir ce terme), lymphopénie à cellules T isolée) sont aussi observées. Des infections respiratoires sont fréquentes. Les patients peuvent présenter un trouble du spectre autistique associé à un trouble du déficit de l'attention avec hyperactivité (TDAH), un trouble obsessionnel compulsif (TOC) et une anxiété.

Le diagnostic est initialement clinique. La présence d'une des 4C majeures doit inciter le médecin à rechercher des anomalies additionnelles. L'imagerie à résonance magnétique (IRM) du lobe temporal montre des canaux semi-circulaires absents ou hypoplasiques (cette malformation peut prédire la présence d'une mutation du gène CHD7). Le diagnostic est confirmé par test génétique.

Le diagnostic différentiel inclut le syndrome d'Abruzzo-Erickson, le syndrome de Kallmann, le syndrome de délétion 22q11.2, l'association VACTERL/VATER, le syndrome de Kabuki, le syndrome rein-colobome, le syndrome du Cat-eye, le syndrome de Joubert, le syndrome BOR, le syndrome de microdélétion 5q11.2 (voir ces termes) et d'autres syndromes microdélétionnels.

Le diagnostic prénatal implique la détection par échographie au cours du second trimestre de polyhydramnios, de malformations du SNC, du coeur et de l'appareil génito-urinaire, et des anomalies de l'oreille. Des analyses moléculaires peuvent être réalisées.

Le syndrome CHARGE peut être sporadique (97% des cas) ou se transmettre selon un mode autosomique dominant. Il y a un risque de 1 à 2% de mosaïcisme germinal.

La prise en charge nécessite une approche multidisciplinaire (impliquant des diététiciens, des gastroentérologues, des endocrinologues, des cardiologues) associant une prise en charge chirurgicale, un support pour les personnes perdant leur vue et leur audition (services pour les malentendants et les malvoyants), une ergothérapie, une kinésithérapie, de l'orthophonie, la pose d'un implant cochléaire, une thérapie comportementale et un conseil psychologique.

La mortalité est élevée au cours de la période néonatale, cela est souvent dû à la combinaison de la cardiopathie cyanotique, de la fistule trachéo-oesophagienne, de l'atrésie choanale, du déficit en lymphocytes T et des anomalies cérébrales. La mortalité et la morbidité au cours de la période post-néonatale sont souvent liées à des évènements post-anesthésie et à des troubles de l'alimentation, résultant en une pneumonie d'aspiration.