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L'incidence et la prévalence de l'hépatite auto-immune (HAI) varient selon les groupes d'âge, les groupes ethniques et les régions géographiques. Chez les Européens caucasiens et chez les Nord-Américains, la prévalence est d'environ 1/6 000. Bien qu'il s'agisse probablement d'une sous-estimation, on rapporte une plus faible occurrence dans les pays asiatiques. La prépondérance est nettement féminine, cependant la maladie touche les deux sexes.

La maladie se manifeste à la fois chez les enfants et les adultes. La présentation est très variable ; environ 25 % des patients connaissent un début aigu ou une évolution de la forme chronique vers une décompensation aiguë. Un sous-ensemble connaît une forme sévère au moment d'apparition de la maladie pouvant évoluer rapidement vers une insuffisance hépatique. Le phénotype clinique le plus courant (deux tiers des patients) se caractérise par un début insidieux, sans aucun symptôme apparent ou avec des symptômes non spécifiques (notamment fatigue, mauvais état général, douleur dans le quadrant supérieur droit, léthargie, malaise, anorexie, perte de poids, nausées, prurit, ictère fluctuant et polyarthralgie des petites articulations sans arthrite). La moitié des patients ont une fibrose hépatique au moment du diagnostic, et un tiers ont une cirrhose, indépendamment de la présence de symptômes. Les sous-types de l'HAI sont classés en fonction de la présence d'auto-anticorps. L'HAI de type 1 représente 90 % des cas, survient à tout âge et est définie par la détection soit d'anticorps anti-nucléaires (ANA), soit d'anticorps antimuscle lisse (anti-SMA), soit d'anticorps antigène hépatique soluble/antigène hépatique pancréatique (anti-SLA/LP). L'HAI de type 2 est définie par la présence d'anticorps antimicrosomes de foie et de rein (anti-LKM), d'anticorps anticytosol (anti-LC1) de foie et, rarement, d'anticorps antimicrosomes de foie et de rein de type 3 (anti-LKM3). L'HAI apparaît dans l'enfance ou chez le jeune adulte et se caractérise par une forme aiguë sévère, souvent par un échec du traitement et des rechutes fréquentes après l'arrêt des stéroïdes. Les anticorps peuvent être absents chez jusqu'à un tiers des patients, en particulier dans les cas de forme sévère et aiguë d'HAI, auquel cas on parle d'HAI séronégative. Les patients connaissent souvent, de manière concomitante, des maladies auto-immunes ou à médiation immunitaire.

Des facteurs environnementaux, une susceptibilité génétique et des réseaux immunorégulateurs déficients ont été suggérés comme jouant un rôle dans la pathogenèse.

L'HIA doit être suspectée chez tout patient présentant une maladie hépatique aiguë ou chronique. Le diagnostic est très difficile et repose sur des scores diagnostiques composés de signes typiques, mais le plus souvent non spécifiques, la mise en évidence d'auto-anticorps (pour lesquels les tests ne sont pas actuellement standardisés), une hypergammaglobulinémie/élévation des IgG, un profil histologique de l'hépatite d'interface, l'exclusion d'autres maladies du foie et, enfin, la réponse au traitement par stéroïdes.

Le diagnostic différentiel vise à écarter d'autres causes d'insuffisance hépatique aiguë ou chronique, comme la maladie de Wilson, une maladie rare, ainsi que l'hépatite virale, les médicaments hépatotoxiques et la consommation excessive d'alcool.

Le traitement standard consiste en un traitement d'induction à base de stéroïdes, suivi d'un régime d'entretien à base de thiopurine (généralement prednisolone et azathioprine). Le traitement immunosuppresseur doit être poursuivi à vie. L'objectif du traitement est la rémission biochimique complète définie par la normalisation des enzymes hépatiques et des gammaglobulines/IgG. Certains patients ont besoin d'un traitement de deuxième ou troisième intention en raison d'une intolérance ou d'une réponse insuffisante au traitement standard. Un recours réitéré à l'histologie du foie permet d'orienter le traitement. L'arrêt du traitement peut être envisagé lorsque les patients présentent une rémission biochimique stable entre au moins 24 à 36 mois ; toutefois, les rechutes sont fréquentes. Une hépatite auto-immune non traitée peut entraîner une cirrhose, des complications de la cirrhose et, in fine, une insuffisance hépatique.

La morbidité est en grande partie liée aux effets secondaires du traitement. Le risque de mortalité est déterminé par la progression de la maladie vers une cirrhose du foie en cas de réponse insuffisante au traitement et par une forme aiguë et sévère. Les patients âgés de moins de 18 ans atteints de l'HAI semblent être plus enclins à subir des poussées récurrentes.