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La néphropathie est le signe principal de la maladie. Elle se manifeste dans l'enfance par une protéinurie persistante, puis un syndrome néphrotique cortico-résistant. Elle évolue vers l'insuffisance rénale chronique terminale (IRCT) au cours de la deuxième ou troisième décade. La biopsie rénale révèle le plus souvent des lésions de hyalinose segmentaire et focale. Les sujets ont un caryotype 46,XY, des organes génitaux externes féminins et une dysgénésie gonadique complète. Ils ont un risque élevé de survenue de gonadoblastome. Un retard pubertaire ou une aménorrhée primaire sont un motif ultérieur d'examens. Dans la mesure où un développement mammaire (modéré) survient même sans stimulation oestrogénique, il n'est pas rare de ne pas diagnostiquer ce retard pubertaire. De plus, il peut également être mis par erreur sur le compte d'un traitement immunosuppresseur antérieur, de l'insuffisance rénale chronique ou de la transplantation rénale. La dysgénésie gonadique complète entraîne une infertilité, des organes génitaux externes féminins et la persistance de structures mullériennes. La survenue de néphroblastome n'est pas habituelle au cours du syndrome de Frasier.

Le syndrome de Frasier est associé à des variants pathogènes spécifiques concernant les nucléotides 4-5 de l'intron 9 (antérieurement désignés IVS9+4; IVS9+5) du gène WT1 (11p13). Le gène WT1 code pour une protéine qui a un facteur de régulation de la transcription, important à la fois pour le développement rénal et gonadique.

Le diagnostic est suspecté devant une néphropathie glomérulaire progressive débutant dans l'enfance, avec des lésions histologiques de hyalinose segmentaire et focale. Un retard pubertaire chez une fille ou une aménorrhée primaire doivent conduire à chercher des signes de néphropathie glomérulaire. Quand les signes cliniques évoquent une maladie associée au gène WT1, une analyse génétique ciblée sur le hotspot formé par les exons 8-9 et les introns adjacents peut être réalisée. La réalisation d'un caryotype est recommandée chez tous les sujets ayant un variant pathogène de l'intron 9 du gène WT1.

Le diagnostic différentiel principal est le syndrome néphrotique idiopathique cortico-résistant, ainsi que les autres maladies associées au gène WT1, notamment le syndrome de Denys-Drash, le syndrome néphrotique cortico-résistant de cause génétique et les anomalies du développement testiculaire.

La plupart des sujets atteints ont une mutation de novo de WT1, sans antécédents familiaux. Cependant, des cas de transmission autosomique dominante ont été rapportés. Lorsqu'un caryotype est indiqué, le conseil génétique avant examen est recommandé pour informer sur la possibilité de trouver une discordance entre le sexe chromosomique et le phénotype féminin.

La prise en charge est multidisciplinaire et doit associer un néphrologue pour traiter l'insuffisance rénale (initialement par un traitement médical néphroprotecteur, puis par traitement de suppléance ou transplantation au stade d'IRCT), un endocrinologue pour les anomalies du développement testiculaire, un cancérologue et un chirurgien pour évaluer la nécessité d'une gonadectomie précoce pour éviter la cancérisation. La gonadectomie bilatérale préventive au moment de la transplantation ou de la mise en place du cathéter de dialyse péritonéale est une option possible.

Les données sur l'espérance de vie sont limitées. Après transplantation rénale, le syndrome néphrotique ne récidive pas. Les sujets 46,X/Y ayant une dysgénésie gonadique complète sont infertiles.