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Sa prévalence à la naissance est d'environ 1/2 000 à 1/4 000. Elle est plus fréquente chez les enfants asiatiques, amérindiens et hispaniques.

Les signes cliniques sont souvent discrets ou absents à la naissance, probablement à cause d'un passage transplacentaire d'hormone thyroïdienne maternelle et d'une production thyroïdienne résiduelle chez beaucoup d'enfants. Des symptômes spécifiques n'apparaissent souvent qu'après plusieurs mois. Ils comprennent une hypoactivité avec sommeil important, une difficulté à la succion, une constipation, un ictère prolongé, un faciès myxoedémateux, des fontanelles larges (en particulier postérieures), une macroglossie, une distension abdominale avec hernie ombilicale et une hypotonie. Un ralentissement de la croissance et un retard du développement sont en général apparents vers l'âge de 4 à 6 mois. En l'absence de traitement, la maladie entraîne un déficit intellectuel sévère et une petite taille.

L'HC se divise en HC permanente (HC primitive, HC secondaire ou centrale et HC périphérique) et HC transitoire (voir ces termes). L'HC primitive est due à une dysgénésie thyroïdienne (85% des cas) ou à des erreurs innées de l'hormonosynthèse (dyshormonosynthèse thyroïdienne, 10-15% des cas; voir ces termes); la dysgénésie thyroïdienne est de cause inconnue dans la grande majorité des cas. L'HC secondaire ou centrale est due à une insuffisance en thyréostimuline (TSH) le plus souvent associée à un hypopituitarisme congénital (voir ce terme). L'HC périphérique est due à des anomalies de transport, métabolisme ou action des hormones thyroïdiennes (comme dans le syndrome d'Allan-Herndon-Dudley) ou à une résistance périphérique aux hormones thyroïdiennes (voir ces termes). L'HC peut être associée, par exemple, aux syndromes de Pendred et de Bamforth-Lazarus (voir ces termes). L'HC transitoire touche le plus souvent les enfants prématurés nés en zones de carence iodée endémique; dans les pays occidentaux, elle est le plus souvent due à une surcharge iodée ou au passage transplacentaire d'anticorps maternels bloquant la thyroïde.

Dans les pays ayant des programmes de dépistage néonatal (par dosage primaire de thyroxine [T4] puis de TSH, ou par dosage primaire de TSH), le diagnostic après dépistage repose sur la détection d'un taux élevé de TSH sérique et bas de T4 ou de T4 libre. D'autres examens (scintigraphie, scanner et échographie thyroïdiens, ou dosage de la thyroglobuline sérique) permettent d'identifier la cause et de distinguer les formes transitoires des formes permanentes. La découverte d'une forme familiale d'HC guidera le conseil génétique. Le diagnostic étiologique n'est pas nécessaire pour débuter l'hormonothérapie.

La dysgénésie thyroïdienne est en général sporadique; la dyshormonosynthèse thyroïdienne est autosomique récessive, avec un risque de récurrence de 25%.

La lévothyroxine est le traitement de choix; la dose d'attaque recommandée de 10 à 15 mcg/kg/jour. Le but immédiat du traitement est d'augmenter au plus vite la T4 sérique au-delà de 130 nmol/L (10 mcg/dL); avec ces doses initiales, la TSH sérique se normalise en général en 2 à 4 semaines. Des contrôles par dosages répétés dans la petite enfance sont essentiels pour assurer une évolution neurocognitive optimale. La TSH et la T4 ou la T4 libre sériques doivent être dosées tous les 1 à 2 mois dans les 6 premiers mois de la vie, tous les 3 mois de 6 mois à 3 ans, et 4 semaines après tout changement de dose.

Le pronostic des enfants traités précocement est excellent, avec des QI comparables à ceux de leur fratrie ou de leurs camarades de classe. Cette évolution neurocognitive peut être moins bonne chez les enfants traités après l'âge de 30 jours ou par des doses de L-thyroxine plus faibles que les doses recommandées, et chez les enfants ayant une hypothyroïdie sévère.