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La prévalence est estimée à 1-9/1 000 000.

De nombreuses personnes, asymptomatiques, ignorent leur maladie jusqu'à l'âge adulte. Une pigmentation inhabituelle de la peau recouvrant les cartilages peut être observée après 30 ans. Les symptômes musculo-squelettiques se manifestent après 20 ans par une douleur et une raideur du dos; l'atteinte des grosses articulations périphériques se produit généralement plusieurs années après, conduisant souvent à une arthropathie nécessitant une arthroplastie. L'arthropathie ochronotique périphérique est généralement de nature dégénérative, mais une inflammation articulaire est parfois observée. La mobilité articulaire est diminuée. Une ankylose peut être présente. Des signes de valvulite aortique ou mitrale peuvent être présents.

L'alcaptonurie est provoquée par un blocage du catabolisme de la phénylalanine et de la tyrosine. Les patients sont homozygotes ou hérérozygotes composites pour des mutations du gène HGD (homogentisate 1,2-dioxygénase). Plus de 70 mutations ponctuelles différentes, interférant avec la structure hexamérique de l'enzyme HGD, ont été décrites au monde. L'atteinte tissulaire est due à l'ABQA qui se polymérise en un pigment apparenté à la mélanine avec une forte affinité pour le tissu conjonctif. Ce pigment déclenche de nombreuses réaction redox et induit lui-même la production de radicaux libres, provoquant les dommages du tissu conjonctif. Le dépôt de ce polymère semblerait provoquer une réponse inflammatoire avec un dépôt de calcium dans les articulations touchées.

L'acide homogentisique peut être identifié dans l'urine par spectroscopie de masse-chromatographie en phase gazeuse. La présence d'homogentisate doit être recherchée chez les patients pour lesquels les radiographies montrent une arthrose évoluée. Une radiographie du rachis montre une dégénérescence des disques et des calcifications denses, en particulier dans la région lombaire. Le diagnostic de porphyrie aiguë intermittente (voir ce terme), pouvant provoquer des urines foncées, peut être éliminé par la présence d'homogentisate, tandis que l'arthrite rhumatoïde, l'arthrose ou la spondylarthrite ankylosante (voir ce terme) sont exclues par les radiographies.

Un conseil génétique doit être proposé aux membres de la famille. La transmission de la maladie est autosomique récessive.

Une thérapie médicamenteuse peut ralentir le dépôt des pigments et devrait réduire les complications articulaires et cardiovasculaires ultérieures. Il n'y a pas de mesures curatives ou préventives. Un régime diététique peut être bénéfique mais son observance est souvent limitée. Des stratégies thérapeutiques basées sur la perturbation métabolique de la voie phénylalanine-tyrosine altérée ont été élaborées (nitisinone, par ex.). L'efficacité et la sécurité à long-terme de cette molécule doivent être établies. D'autres approches explorent les effets de molécules anti-oxydantes pour prévenir la conversion de l'AHG en polymère se déposant dans les tissus cartilagineux (N-acétylcysteine, par ex.). Des essais avec la vitamine C ont été peu convaincants. Les sujets plus âgés peuvent nécessiter une arthrodèse rachidienne. Une arthroplastie de la hanche ou du genou peuvent être nécessaires.

L'espérance de vie n'est pas réduite mais un déclin fonctionnel progressif est observé dans les tâches quotidiennes avec une perte de mobilité.