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La prévalence est estimée à 1/38 500 naissances en Europe. Cependant, la prévalence à la naissance est plus élevée dans des populations spécifiques, comme en Finlande (1/9 000), chez les Bédouins du Koweït (1/3 500), chez les Indiens Gujarati (1/1 300) et au Qatar (1/5 000). Aucune prédilection pour le sexe n'est signalée.

Les foetus atteints du syndrome de Meckel (MKS) ne survivent que quelques jours à quelques semaines tout au plus, ou meurent in utero. Les principales caractéristiques du SNC sont l'encéphalocèle occipitale, l'hydrocéphalie, l'anencéphalie, l'holoprosencéphalie, ainsi que le syndrome de Dandy-Walker. Les gros reins polykystiques avec dysplasie rénale kystique sont une caractéristique constante du syndrome de Meckel. La dysgénésie hépatique et la fibrose du foie sont fréquentes. La polydactylie peut affecter les quatre extrémités et est typiquement postaxiale (80 %) ou très rarement préaxiale. Les personnes atteintes présentent une hypoplasie pulmonaire secondaire à un oligohydramnios. Une fente labiale et palatine, une microphtalmie et une micrognathie peuvent être observées. Les malformations cardiaques peuvent inclure une communication interauriculaire, une coarctation de l'aorte, un canal artériel persistant et une sténose pulmonaire valvulaire. Le développement incomplet des organes génitaux internes et externes et la cryptorchidie chez les mâles sont fréquents.

Le MKS est suspecté devant un défaut de développement ciliaire. Des mutations dans de nombreux gènes différents liés aux cils ont été associées à cette maladie, souvent dans le cadre d'unions consanguines. La plupart de ces gènes sont également responsables du syndrome de Joubert, ce qui laisse à penser que le MKS est le phénotype létal extrême du syndrome de Joubert.

Le diagnostic peut être posé devant une échographie foetale montrant une encéphalocèle occipitale et des reins dysplasiques. Deux des trois principales malformations ou deux autres anomalies ainsi qu'une caractéristique classique suffisent à poser le diagnostic de MKS. Une autopsie peut également être nécessaire. La maladie est souvent détectée avant la quatorzième semaine de gestation. Les tests de génétique moléculaire peuvent être utilisés pour confirmer le diagnostic ou pour orienter le conseil génétique.

Les diagnostics différentiels visent à écarter la trisomie 13, le syndrome de Bardet-Biedl, l'hydroléthalie et le syndrome de Smith-Lemli-Opitz.

Le diagnostic prénatal par échographie est possible à partir de douze semaines de grossesse. Une encéphalocèle, des reins kystiques et une polydactylie peuvent être détectés.

Le mode de transmission de MKS est autosomique récessif. Le conseil génétique doit être proposé aux couples à risque (les deux parents sont porteurs de la mutation causale) les informant que le risque de transmission de la maladie à l'enfant à chaque grossesse est de 25 %.

Aucun traitement n'est actuellement disponible pour le syndrome de Meckel dont l'issue est toujours fatale.

Le MKS est létal in utero ou au tout début de la période néonatale, l'hypoplasie pulmonaire et l'insuffisance rénale étant les principales causes de décès précoce.