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La prevalenza della CCD è 1/1.000.000, con tassi più elevati nei gruppi etnici con un effetto del fondatore. La malattia è stata descritta in diverse popolazioni e non è stata osservata nessuna predilezione nei due sessi. Può essere sottodiagnosticata a causa dei casi ad espressione relativamente lieve.

La gamma dei segni clinici è estremamente ampia (persino all'interno della stessa famiglia): dalle anomalie dentali isolate, alle malformazioni gravi con ripercussioni a livello funzionale. I principali segni clinici sono l'ipoplasia o aplasia delle clavicole, con spalle strette e cadenti anteriormente, la ritardata fusione delle suture craniche, con fontanelle ampiamente beanti alla nascita (che possono persistere per tutta la vita), e varie anomalie dei denti, comprese quelle della dentizione, i denti soprannumerari disposti in modo uniforme o caotico (iperdontia) nella dentizione decidua e secondaria, con conseguenti sovraffollamento e malocclusione, la ritenzione dei denti decidui, la ritardata eruzione della dentizione secondaria e i denti decidui che cadono con difficoltà. La patologia dei denti può avere riflessi sull'articolazione della mandibola e sulla masticazione. Altri segni riguardano la fronte piatta e larga, l'ipertelorismo, l'ipoplasia medio-facciale, la mascella appuntita che conferisce al volto un aspetto caratteristico, la brachidattilia, le dita delle mani coniche con i pollici corti e larghi. Le anomalie scheletriche comprendono la bassa statura, la scoliosi, il ginocchio valgo, i piedi piatti, la diastasi della sinfisi pubica, le scapole displasiche, la coxa vara, in genere scarsamente significativa a livello clinico. Le complicazioni secondarie comprendono le infezioni ricorrenti delle vie aeree superiori, l'apnea nel sonno, il lieve ritardo motorio e la sordità variabile. Sono normali la funzione cognitiva e intellettiva. A causa della sproporzione cefalo-pelvica, la percentuale delle donne con CCD che necessitano del taglio cesareo è superiore a quella nella popolazione generale.

La CCD è causata dalle mutazioni del gene RUNX2 (6p21) coinvolto nella differenziazione degli osteoblasti e nella formazione dell'osso. Sono state identificate numerose mutazioni, ad elevata penetranza e variabilità significativa. Non sono state stabilite con esattezza correlazioni fenotipo-genotipo.

La diagnosi si basa sui segni clinici e radiografici caratteristici (suture aperte, fontanelle evidenti, torace a forma conica con un diametro superiore ristretto, deformità delle mani, dentizione anomala). Nei pazienti con segni diagnostici clinici e radiologici atipici, può essere usata, per confermare la diagnosi, l'analisi molecolare.

La diagnosi differenziale si pone con la displasia mandibuloacrale, la sindrome di Crane-Heise, la sindrome di Yunis-Varon, la picnodisostosi, la sindrome CDAGS, l'ipofosfatasia (si vedano questi termini).

Nelle gravidanze a rischio, è possibile la diagnosi prenatale, che richiede l'identificazione preventiva nella famiglia della mutazione genetica responsabile della malattia.

La displasia cleidocranica ha una trasmissione autosomica dominante. Alle famiglie affette dovrebbe essere offerta la consulenza genetica. Sembra elevato il numero dei casi dovuti a mutazioni de novo.

La presa in carico delle anomalie dei denti è molto importante per il raggiungimento di una funzione e di un aspetto estetico soddisfacenti. Le opzioni comprendono la rimozione dei denti decidui ritenuti e dei denti permanenti soprannumerari e anomali. La chirurgia dentale deve essere presa in considerazione per i denti non erotti e l'ortodonzia per la malocclusione. A causa del ruolo di RUNX2 nell'ossificazione e nel mantenimento osseo, dovrebbe essere monitorata la densità minerale ossea e valutata l'opportunità di un trattamento preventivo dell'osteoporosi.

Le malformazioni e le complicazioni della CCD causano solo raramente una disabilità significativa. La prognosi è in genere buona.