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Die Prävalenz unter Lebendgeborenen ist je nach Region sehr unterschiedlich, mitgeteilte Zahlen reichen von 1:800 bis 1:10.000, der mittlere Wert ist 1:3.000.

Die klinischen Zeichen sind oft nur subtil oder bei Geburt noch nicht vorhanden. Gründe hierfür sind wahrscheinlich trans-plazentarer Transport mütterlichen Schilddrüsenhormons und die Tatsache, dass viele Kleinkinder selbst eine gewisse Menge des Hormons produzieren. Spezifischere Symptome entwickeln sich oft erst nach mehreren Monaten. Häufige Zeichen sind dann verminderte Aktivität und vermehrter Schlaf, Fütterprobleme und Obstipation, verlängerter Ikterus, myxödematöses Gesicht, große Fontanellen (besonders die hintere), Makroglossie, aufgetriebenes Abdomen mit Nabelbruch und Muskelhypotonie. Im Alter von 4-6 Monaten fallen in der Regel verlangsamtes Größenwachstum und eine Entwicklungsverzögerung auf. Unbehandelt führt die CH zu schwerem intellektuellen Defizit und Kleinwuchs.

Die permanente CH hat eine Reihe verschiedener primärer, sekundärer und peripherer Ursachen und kann auch Teil eines Syndroms sein (primäre, sekundäre, periphere oder syndromale Hypothyreose; s. diese Termini). Ursachen der primären CH sind Defekte in der Entwicklung der Schilddrüse (Dysgenesie der Schilddrüse; s. dort) und angeborene Defekte der Biosynthese des Schilddrüsenhormons (Schilddrüsen-Dyshormonogenese; s. dort) oder Defekte der Thyreotropin (TSH)-Bindung oder der TSH-Signaltransduktion (durch TSH-Rezeptor-Mutationen; s. dort). Die sekundäre oder zentrale CH ist meist durch einen Defekt des Hypophysenvorderlappens bedingt. Andere Ursachen sind (i) der isolierte TSH-Mangel (s. dort), der mit Mutationen im TSHB-Gen (1p13) für die TSH-beta-Untereinheit autosomal-rezessiv vererbt wird, (ii) die Resistenz gegen Thyreotropin-Releasinghormon (TRH; s. dort) mit Mutationen im Gen für den TRH-Rezeptor (TRHR; 8q23) oder (iii) durch Mutationen, die die Entwicklung des Hypophysenvorderlappens steuern, darunter HESX1, LHX3, LHX4, POU1F1 und PROP1 (3p21.2-p21.1, 9q34.3, 1q25, 3p11 und 5q). Die periphere CH (s. dort) kann durch periphere Resistenz gegen die Wirkung des Schilddrüsenhormons (s. dort) bedingt sein, die in 90% der Fälle durch dominant vererbte Mutationen im Gen für die Beta-Untereinheit des Schilddrüsenhormon-Rezeptors (THRB; 3p24.2) bedingt ist. Aber nur einige dieser Individuen sind hypothyreot, die meisten haben eine normale Schilddrüsenfunktion. Eine andere Ursache der peripheren Hypothyreose sind Defekte im Transport des Schilddrüsenhormons, wie z.B. beim Allan-Herndon-Dudley-Syndrom (s. dort), bei dem eine X-chromosomale periphere Hypothyreose mit intellektuellem Defizit und neurologischen Störungen, u.a. Tetraplegie, assoziiert ist. Die permanente CH ist auch Teil anderer Syndrome, u.a. Pendred- und Bamforth-Syndrom (s. diese Termini).

In der Zukunft wird es evtl. möglich sein, die Diagnose einer permanentem CH mit rekombinantem humanem TSH (rhTSH) zu verifizieren.

Wenn nach den ersten 6 Lebensmonaten der TSH-Serumspiegel durch mangelhafte Behandlung auf über 20mU/L steigt, ist eine permanente CH anzunehmen. Wenn im Alter von 2-3 Jahren noch nicht sicher ist, ob es sich um eine permananente CH handelt, wird ein L-Thyroxin-Auslassversuch empfohlen. Dabei wird durch den Serumbefund eines niedrigen freien T4 und eines erhöhten TSH die Permanenz der CH bestätigt und die Therapie wieder aufgenommen.