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Die Prävalenz ist unbekannt; bisher wurden mehr als 100 NAFD-Fälle publiziert.

Das NAFD ist gekennzeichnet durch mandibulo-faziale Anomalien: Schräg abwärts verlaufende Lidspalten, Ptose der Oberlider, Kolobom der Unterlider, fehlende Wimpern im medialen Drittel bis zwei Drittel der Unterlider, Jochbein-Hypoplasie, Hypoplasie der Maxilla, Gaumenspalte, Fehlen oder Hypoplasie des Gaumensegels, Choanalatresie, Bildung einer ,,Zunge'' temporären Haarwuchses die Wangen hinunter. Eine Lippenspalte ist selten. Extremitätendefekte liegen überwiegend präaxial. Charakteristisch sind Daumenhypoplasie oder -aplasie, häufig in Verbindung mit radio-ulnarer Synostose und/oder Radius- Aplasie/Hypoplasie. Beschrieben wurden auch triphalangeale Daumen und andere Fingeranomalien. Ein kleiner Prozentsatz der Patienten weist außerdem Fehlbildungen der unteren Extremitäten auf. Otologische und orale Anomalien führen regelmäßig zu einer Schallleitungsschwerhörigkeit, Schwierigkeiten beim Sprechen und einer Blockierung der oberen Atemwege. Die meisten Personen mit dem Nager-Syndrom haben eine normale Sehfähigkeit und eine normale Intelligenz.

Bei etwa 50% der Patienten ist NAFD mit heterozygoten Mutationen im SF3B4-Gen (1q21.2) assoziiert, das eine Komponente des Spleißmechanismus kodiert.

Die Diagnose basiert auf der körperlichen und der radiologischen Untersuchung oder auf der Identifizierung einer Mutation im SF3B4-Gen.

Differentialdiagnosen sind mandibulofaziale Dysostose-Syndrome, wie das Treacher-Collins-Syndrom, und andere akrofaziale Dysostosen (AFD), wie die AFD Catania-Typ, die AFD Patagonia-Typ, die AFD Genee-Wiedemann-Typ, die AFD Rodriquez-Typ, sowie die mandibulofaziale Dysostose mit Mikrozephalie (siehe jeweils dort). Patienten mit dem okulo-aurikulo-vertebralen (OAV) Spektrum (siehe dort) können ebenfalls überlappende Merkmale aufweisen.

Eine pränatale Diagnose kann durch Ultraschall oder molekulargenetischen Test des SF3B4-Gens erfolgen.

Das Nager-Syndrom ist wahrscheinlich genetisch heterogen. Autosomal-dominante Vererbung bei einem Teil der Familien ist gesichert. Andere Familien mit mehreren betroffenen Geschwistern und Blutsverwandtschaft der Eltern legen autosomal-rezessive Vererbung nahe. Eine genetische Beratung erfordert eine sorgfältige Untersuchung der Eltern und Geschwister eines betroffenen Kindes, um zu klären, ob die Erkrankung einen familiären Ursprung hat oder sporadisch aufgetreten ist. Ist ein Elternteil leicht betroffen, beträgt die Wahrscheinlichkeit, dass die Erkrankung vererbt wird, 50%. Ein Wiederholungsrisiko von 25% kann nicht ausgeschlossen werden, wenn beide Eltern normal erscheinen.

Das Krankheitsmanagement muss sich auf die neonatale Atemnot (Tracheostomie) und die Probleme beim Füttern (Gastrostomie) konzentrieren. Ein chirurgischer Eingriff kann in Betracht gezogen werden, um Spalten zu korrigieren, für das Krankheitsmanagement einer schweren Mikrognathie und für eine temporo-mandibuläre Gelenk-Fehlfunktion. Hörhilfen können angeboten werden. Eine Sprach- und phonologische Behinderung ist durch eine spezifische Sprachtherapie zu behandeln.

Nach dem Säuglingsalter sind die meisten Patienten gesund und es wird angenommen, dass sie eine normale Lebenserwartung besitzen. Dauernde medizinische Probleme betreffen in der Regel nur die Blockierung der Atemwege oder die temporo-mandibuläre Gelenk-Fehlfunktion bei Patienten mit schwereren mandibulären Fehlbildungen.