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Die Prävalenz unter Neugeborenen beträgt etwa 1:2.000 bis 1:4.000. Die CH ist häufiger bei asiatischen, indianischen und hispanischen Kindern.

Die klinischen Zeichen sind oft nur subtil oder bei Geburt noch nicht vorhanden. Gründe hierfür sind wahrscheinlich trans-plazentarer Transport mütterlichen Schilddrüsenhormons und die Tatsache, dass viele Kleinkinder selbst eine gewisse Menge des Hormons produzieren. Spezifischere Symptome entwickeln sich oft erst nach mehreren Monaten. Häufige Zeichen sind dann verminderte Aktivität und vermehrter Schlaf, Fütterprobleme und Obstipation, verlängerter Ikterus, myxödematöses Gesicht, große Fontanellen (besonders die hintere), Makroglossie, aufgetriebenes Abdomen mit Nabelbruch und Muskelhypotonie. Im Alter von 4-6 Monaten fallen in der Regel verlangsamtes Größenwachstum und eine Entwicklungsverzögerung auf. Unbehandelt führt die CH zu schwerem intellektuellen Defizit und Kleinwuchs. Die CH kann in permanente (primäre, sekundäre und periphere Ursachen) und transiente Formen aufgeteilt werden (s. diese Termini). Ursachen der primären CH sind Dysgenesie der Schilddrüse (85% der Fälle) und angeborene Defekte der Biosynthese des Schilddrüsenhormons (10-15% der Fälle).

Die Ursache der Schilddrüsen-Dysgenesie ist in der weit überwiegenden Zahl der Fälle unbekannt. Die sekundäre oder zentrale CH resultiert aus einem Thyreotropin (TSH)-Mangel und ist meist mit einer angeborenen Hypophysenvorderlappen-Insuffizienz assoziiert. Die periphere CH resultiert aus Defekten im Transport oder Stoffwechsel der Schilddrüsenhormone, darunter das Allan-Herndon-Dudley-Syndrom, oder aus peripherer Resistenz gegenüber den Schilddrüsenhormonen (s. diese Termini). Die CH kann auch Teil eines Syndroms sein, z.B. Pendred- und Bamforth-Lazarus-Syndrom (s. diese Termini). Die transiente CH tritt am häufigsten bei Frühgeborenen in Gebieten mit endemischem Jodmangel auf. In westlichen Ländern ist die transiente Hypothyreose eher durch erhöhte Jod-Exposition oder mütterliche blockierende Schilddrüsen-Antikörper bedingt.

In Ländern mit Neugeborenen-Screeningprogrammen (primärer Test entweder Thyroxin (T4) und nachfolgend TSH oder primär TSH) werden die Kinder durch dieses Screening anhand erhöhter TSH-Serumspiegel oder niedriger Spiegel von T4 oder freiem T4 diagnostiziert. Weitere diagnostische Tests (Schilddrüse: Radionuklid-Aufnahme und Bildgebung, Sonographie; Serum: Thyroglobulinspiegel) dienen der Aufdeckung der Ursache und der Unterscheidung von transienten und permanenten Fällen.

Die Diagnose familiärer Formen der CH ermöglicht eine verlässliche genetische Beratung. Die Schilddrüsen-Dysgenesie tritt meist sporadisch auf. Die Hormonsynthese-Störungen werden autosomal-rezessiv vererbt (Wiederholungsrisiko für Geschwister 25%).

Für den Therapiebeginn bedarf es der ätiologischen Diagnostik nicht. Das Mittel der Wahl ist Levothyroxin, die Anfangsdosis ist 10-15 µg/kg/Tag. Unmittelbares Ziel der Behandlung ist die schnellstmögliche Anhebung des T4-Serumspiegels auf über 130 nmol/L (10 µg/dL). Mit den genannten Startdosierungen normalisiert sich der TSH-Serumspiegel in der Regel innerhalb von 2 bis 4 Wochen. Häufige Laborkontrollen im Säuglingsalter sind unerlässlich für ein optimales neuro-kognitives Behandlungsergebnis. TSH und T4 oder freies T4 im Serum sollen in den ersten 6 Lebensmonaten alle 1-2 Monate, im Alter zwischen 6 Monaten und 3 Jahren alle 3 Monate, sowie 4 Wochen nach Änderung der Dosis gemessen werden.

Bei frühem Behandlungsbeginn haben die Kinder eine ausgezeichnete Prognose, und ihr IQ ähnelt dem ihrer normalen Geschwister oder Klassenkameraden. Zu ungünstigeren neuro-kognitiven Resultaten kommt es, wenn die Behandlung mehr als 30 Tage nach der Geburt beginnt, wenn die verabreichte L-Thyroxin-Dosis unter der gegenwärtigen Empfehlung liegt oder wenn die Kinder eine schwerere Hypothyreose haben.