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En Europa la prevalencia de la CEP oscila entre 1/446.000 y 1/6.170. Se observa un predominio en varones, con un ratio de varones / mujeres de aproximadamente 2:1.

La CEP puede presentarse a cualquier edad con un pico de incidencia alrededor de los 40 años de edad. Los síntomas y hallazgos clínicos son variables, dependiendo del estadio de la enfermedad. En estadios tempranos, se describen manifestaciones inespecíficas tales como fiebre, fatiga, prurito, malestar, dolor abdominal y pérdida de peso, aunque aproximadamente el 40-50% de los afectados pueden estar asintomáticos en el momento del diagnóstico. Se ha observado hepatomegalia, esplenomegalia, ictericia, hipertensión portal y, en casos más avanzados, angioma en araña, ascitis y atrofia muscular. El curso de la enfermedad también es altamente variable, aunque en la mayoría de los casos, la CEP es lentamente progresiva, evolucionando a cirrosis y fallo hepático y a la necesidad de un trasplante de hígado en el plazo de 13-21 años tras el diagnóstico. En la CEP se han observado varias comorbilidades mediadas por el sistema inmunitario. La afección coexistente más común es la enfermedad intestinal inflamatoria, descrita en más del 60-80% de los afectados de descendencia del norte de Europa. Otras condiciones inmunomediadas, tales como la hepatitis autoinmune, la enfermedad tiroidea, la diabetes mellitus tipo 1 y la enfermedad celiaca, se presentan también con una frecuencia ligeramente aumentada. Una proporción de los afectados por la CEP desarrolla malignidad; principalmente colangiocarcinoma, aunque también se ha descrito un mayor riesgo de carcinoma de intestino grueso en afectados con enfermedad inflamatoria intestinal asociada. La CEP de pequeños conductos es una variante de la CEP que se presenta con colestasis crónica, hallazgos bioquímicos e histológicos similares a aquellos encontrados en la CEP, y una colangiografía normal.

Todavía no se ha establecido la etiología precisa de la CEP, aunque se piensa que es multifactorial. Se sabe que los factores de susceptibilidad genética están implicados y se ha observado una fuerte asociación con variantes genéticas dentro de la región HLA del cromosoma 6. Se estima que la enfermedad está relacionada con una respuesta inmune anómala ante un estímulo medioambiental aun no identificado.

La CEP se sospecha en base a las manifestaciones clínicas y a pruebas de la función hepática alteradas y el diagnóstico se confirma mediante una colangiopancreatografía por resonancia magnética (CPRM) o una colangiopancreatografía endoscópica retrograda (CPER) mostrando cambios en los conductos biliares con estenosis y dilataciones características de la enfermedad.

El diagnóstico diferencial incluye otras enfermedades hepáticas, tales como la hepatitis autoinmune y la colangitis biliar primaria. Es imprescindible descartar las múltiples causas secundarias que resultan en cambios en el conducto biliar similares a los de la CEP, tales como la colangitis esclerosante asociada a IgG4, la colangiopatía por mastocitos, las infecciones, los cálculos o trauma biliar, y otras causas identificadas de lesión del árbol biliar (que producen rasgos similares en CPER y CPRM a los descritos en la CEP) para poder establecer un diagnóstico diferencial.

Los inmunosupresores y los quelantes son utilizados para tratar los síntomas y controlar las complicaciones; sin embargo, hasta la fecha, no existen terapias médicas que curen o modifiquen el curso de la CEP. Con frecuencia, es necesaria una terapia de reemplazo de las vitaminas liposolubles A, D, E y K ya que, por lo general, los afectados presentan deficiencias de estas vitaminas. Actualmente, el trasplante hepático es el único tratamiento definitivo para los afectados con enfermedad avanzada y la mayoría de ellos requiere un trasplante de hígado 13-21 años después del diagnóstico, bien debido a la progresión de la enfermedad o por complicaciones de la misma, tales como la colangitis bacteriana refractaria al tratamiento. La dilatación endoscópica, con o sin stents, de las estenosis biliares puede aliviar los síntomas de obstrucción biliar.

Por lo general, el pronóstico después del trasplante de hígado es bueno, aunque en algunos casos la CEP puede recurrir en el hígado trasplantado, con una tasa de recurrencia que oscila entre el 10-37%.