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Se ha identificado en aproximadamente 30 familias.

Se puede presentar durante el periodo neonatal pero, en la mayoría de los casos, la edad de aparición de la enfermedad varía entre los 6 y 24 meses. Se caracteriza por una intolerancia grave al ayuno, que conduce a desajustes metabólicos como: hipoglucemia hipocetósica, que resulta en coma y convulsiones, y encefalopatía hepática, que conduce a insuficiencia hepática. Aparecen asociadas una miopatía esquelética y una miocardiopatía, que pueden conducir a arritmias cardíacas paroxísticas fatales.

La forma infantil del déficit de CPT II está provocada por mutaciones ''sin sentido'' en el gen CPT2. Contrariamente a la forma miopática adulta (ver este término), las mutaciones S113L no se han identificado jamás en la forma infantil.

El diagnóstico se basa inicialmente en una espectrometría de masas en tándem de las acilcarnitinas en sangre y plasma, seguida del análisis de las mutaciones y en la medida de la actividad enzimática de CPT2 en linfocitos circulantes en estado fresco, músculo y fibroblastos.

El diagnóstico diferencial debe incluir el déficit de carnitina-acilcarnitina translocasa (CACT) y el déficit de acil-CoA deshidrogenasa de ácidos grasos de cadena muy larga (ver estos términos).

El diagnóstico prenatal está disponible usando tanto análisis enzimáticos como moleculares.

La transmisión es autosómica recesiva.

El tratamiento consiste en evitar la intolerancia al ayuno, proporcionando un aporte calórico en forma de carbohidratos durante los períodos de enfermedad febril o gastrointestinal. Cuando el estado del paciente se estabiliza, se inicia una dieta baja en grasas y rica en carbohidratos. En las formas más graves, puede ser necesaria la implementación de un sistema de alimentación durante la noche, con una liberación lenta de carbohidratos, como almidón de maíz. Una terapia anaplerótica con triheptanoina también se ha sugerido como tratamiento. Los niveles de carnitina plasmática pueden ser bajos, y la administración de L-carnitina se utiliza en el tratamiento, pero este enfoque no ha sido validado en un estudio controlado.

La forma infantil grave puede conducir a la muerte súbita durante la infancia debido, en general, a las arritmias cardíacas paroxísticas. Esto es particularmente cierto para los casos sin diagnosticar. El diagnóstico temprano por cribado neonatal, identifica algunos casos presintomáticos, lo que parece mejorar el pronóstico.