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Basándose en informes que señalan que hasta un 32% de los casos de RTT muestran un fenotipo atípico, se estima una prevalencia del RTT atípico en torno a 1/45.000. Al igual que el RTT clásico, el síndrome de RTT atípico afecta predominantemente a mujeres.

Pueden presentarse formas atípicas con un cuadro clínico más leve o más grave que el observado en el RTT típico. Se han definido varias subvariantes del RTT atípico. i) El tipo con crisis epilépticas de aparición temprana (variante Hanefeld) se caracteriza por crisis en los primeros meses de vida con desarrollo posterior de rasgos RTT. ii) La variante congénita (variante Rolando) es la forma más grave de RTT atípico, con aparición de rasgos clásicos de RTT durante los tres primeros meses de vida. iii) La 'forma frustrada' es una variante más leve que aparece en la infancia temprana y con un curso incompleto y prolongado. iv) La forma de regresión infantil tardía se caracteriza por una circunferencia de la cabeza normal y una aparición más gradual y tardía (infancia tardía) de regresión del lenguaje y habilidades motoras. v) La variante de habla preservada (variante PSD, por sus siglas en inglés, o Zappella) se caracteriza por la recuperación de algunas habilidades verbales y manuales.

El tipo de crisis de aparición temprana está causado con frecuencia por mutaciones en el gen CDKL5 ligado al cromosoma X (Xp22). También se ha identificado una translocación que implica al gen NTNG1 (1p13.2-p13.1) en un paciente con crisis tempranas y RTT atípico. Por lo general, la variante congénita (variante Rolando) está causada por mutaciones en el gen FOXG1 (14q11-q13). También se ha descrito un síndrome de microdeleción que implica una deleción intersticial 14q12, con un fenotipo similar pero con la característica adicional de dismorfia facial. La variante de habla preservada (variante PSD o Zappella) está causada, al menos en algunos casos, por mutaciones en el gen MECP2 (Xq28), que también es responsable de la mayoría de casos de RTT clásico.

El diagnóstico se basa en la evaluación clínica utilizando los criterios de diagnóstico para el RTT atípico definidos originariamente por Hagberg en 1994: un caso atípico debe cumplir al menos tres de los seis criterios principales y un mínimo de cinco de los once criterios de apoyo. El análisis molecular puede facilitar la confirmación del diagnóstico.

El diagnóstico diferencial incluye el síndrome de Angelman, el autismo, la parálisis cerebral, algunos errores congénitos del metabolismo y la discapacidad intelectual grave (consulte estos términos).

Debe proponerse consejo genético. Se dispone de pruebas prenatales para familiares de sexo femenino de un caso índice, que pueden no presentar síntomas debido a la inactivación sesgada del cromosoma X.

En la actualidad, no existe un tratamiento específico para el RTT atípico. El tratamiento es sintomático y de apoyo. Puede ser necesaria medicación para el abordaje de las irregularidades respiratorias, las alteraciones del sueño (melatonina), la agitación (risperidona), la rigidez (carbidopa, levodopa) y las dificultades motoras; para controlar las crisis epilépticas pueden utilizarse fármacos antiepilépticos. También podría ser necesario el uso de fármacos antirreflujo.

El curso del síndrome Rett atípico, incluyendo la edad de aparición y la gravedad de los síntomas, varía de un paciente a otro. A pesar de la diversidad de síntomas, la mayoría de pacentes con RTT viven hasta la mediana edad e incluso más con una calidad de vida relativamente buena.