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Hasta la fecha, se ha descrito más de 70 casos en la literatura.

La presentación al nacimiento es con macrosomía, hernia umbilical y craneosinostosis que varía desde una configuración en ''hoja de trébol'' hasta la afectación predominante de la cresta metópica y asimetría craneofacial. Las anomalías craneales pueden provocar un aumento de la presión intracraneal, dificultad para articular, otitis media frecuente y la consiguiente hipoacusia. Las anomalías típicas de los dedos incluyen braquidactilia, sindactilia cutánea, polidactilia preaxial de los dedos de los pies y polidactilia postaxial de las manos con pulgares anchos y ausencia de falanges medias. Los rasgos faciales característicos son puente nasal plano con epicantos, fisuras palpebrales descendentes, anomalías de la córnea, pabellones auriculares malformados, de implantación baja y rotados posteriormente, e infradesarrollo maxilar y mandibular. Las malformaciones cardíacas congénitas son frecuentes y pueden incluir comunicación interventricular, conducto arterioso persistente, estenosis pulmonar, tetralogía de Fallot y transposición de grandes vasos. La discapacidad intelectual es común (afecta del 63 al 75% de los pacientes). Los varones suelen presentar anomalías genitales como hipogonadismo y criptorquidia. Es habitual que los dientes de leche sean de pequeño tamaño, cortos, de tamaño insuficiente y muy espaciados, apareciendo como pequeños brotes desgastados a nivel de los márgenes gingivales y, a menudo, hay una retención prolongada de estos dientes temporales. El crecimiento está ligeramente retrasado o es normal y muchos pacientes presentan talla baja. La obesidad persistente, especialmente la obesidad troncal, de incio en la infancia, es común. Con frecuencia, asocia anomalías esqueléticas adicionales como deformidad de las caderas, cifoescoliosis y genu valgo. En algunos pacientes se ha observado situs inversus, dextrocardia y poliesplenia.

El síndrome está causado por variantes truncantes, de cambio de sentido y con pérdida de función de dos genes diferentes, el gen RAB23 (6p12.1) y, con menor frecuencia, el gen MEGF8 (19q13.2). Las mutaciones de MEGF8 se asocian con defectos en la lateralización y craneosinostosis menos grave (por lo general, solo afecta a la sutura metópica) en comparación con individuos con mutaciones del gen RAB23.

El diagnóstico clínico se sospecha en base a la presentación clínica y se confirma mediante un cribado genético de RAB23 y de MEGF8, en este orden.

El diagnóstico diferencial incluye otros trastornos de acrocefalosindactilia, así como los síndromes de Gorlin, de Apert y de cefalopolisindactilia de Greig. Las ciliopatías también presentan características solapantes, incluida la amplia variabilidad clínica y características como la obesidad y la polidactilia. Los síndromes de Summitt y de Goodman también se encuentran dentro del espectro clínico del síndrome de Carpenter.

El diagnóstico prenatal genético de detección de mutaciones familiares causales es posible cuando la mutación ha sido previamente identificada en un familiar. La ecografía puede detectar anomalías craneales, fémures cortos e incurvados, cara aplanada, proptosis, defectos cardíacos, heterotaxia y anomalías de los dedos.

La transmisión es autosómica recesiva. Se debe ofrecer consejo genético a las parejas de riesgo (ambos individuos son portadores de una mutación causante de la enfermedad) informándoles de que la probabilidad de tener un hijo enfermo es del 25% en cada embarazo. La expresión fenotípica varía considerablemente, incluso dentro de una misma familia. Se recomienda proporcionar consejo genético a las familias afectas.

El manejo y el tratamiento deben ser multidisciplinares. La mayoría de los pacientes con este síndrome se somete a una reconstrucción craneofacial temprana para mejorar su aspecto y prevenir la discapacidad intelectual. Es posible que se requiera cirugía para corregir los defectos cardíacos congénitos y puede ser necesaria la derivación si la presión intracraneal es elevada.

El pronóstico es muy variable según la gravedad de las malformaciones y el grado de discapacidad intelectual; algunos niños crecen para convertirse en adultos independientes mientras que otros necesitan más apoyo debido a la discapacidad intelectual o a problemas físicos. La esperanza de vida es menor debido, fundamentalmente, a la presencia de defectos cardíacos.