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La prévalence mondiale est estimée à 1/1.000.000.

La maladie se manifeste après la naissance ou dans l'enfance par les symptômes de la néphronophtise avec polyuro-polydipsie, énurésie secondaire et anémie. L'évolution peut se faire vers la détérioration aiguë ou chronique de la fonction rénale pour finalement aboutir à l'insuffisance rénale terminale. L'atteinte oculaire se traduit par une perte visuelle congénitale ou à début précoce, due à la dystrophie rétinienne. Dans de rares cas, d'autres signes peuvent être associés : fibrose hépatique, obésité et troubles neurologiques.

Le syndrome de Senior-Loken est une ciliopathie génétiquement hétérogène. Les mutations de 7 gènes différents ont été rapportées (NPHP1, INVS, NPHP3, NPHP4, IQCB1, CEP290 et SDCCAG8). Ces gènes codent des protéines du cil primaire qui ont un rôle-clé dans le développement et la fonction de plusieurs types cellulaires, dont les cellules photoréceptrices de la rétine et les cellules de l'épithélium tubulaire rénal. L'expressivité des différentes manifestations extra-rénales pourraient être influencée par des interactions épistatiques, une transmission oligogénique ou des allèles modificateurs.

Un bilan rénal (exploration fonctionnelle rénale avec examen des urines et échographie abdominale), ophtalmologique (fond d'oeil, acuité visuelle, des défauts de réfraction, de la vision des couleurs, de l'oculomotricité et électrorétinogramme) sont recommandés. Un bilan hépatique pour exclure une fibrose hépatique (exploration fonctionnelle hépatique et échographique) et un examen neurologique sont aussi recommandés chez le nourrisson. Le diagnostic génétique du syndrome de Senior-Loken repose sur l'analyse mutationnelle des gènes impliqués ; l'anomalie la plus fréquente est une délétion du gène NPHP1.

Les diagnostics différentiels sont les autres ciliopathies avec lesquelles il existe un chevauchement clinique et génétique : la néphronophtise isolée, le syndrome de Joubert et les maladies associées (SJMA) en particulier le syndrome de Joubert avec atteinte oculorénale, le syndrome de Bardet-Biedl et le syndrome d'Alström (voir ces termes). L'examen clinique permet d'éliminer un SJMA (hypotonie, ataxie et troubles respiratoires du nourrisson) et un syndrome de Bardet-Biedl (polydactylie et obésité). L'examen d'imagerie par résonnance magnétique (IRM) élimine un SJMA (signe de la molaire: malformation du rhombo-diencéphale). Les signes extrarénaux associés font discuter les autres causes de nystagmus, retard psychomoteur, retard d'apprentissage, diabète, surdité, hypogonadisme et/ou scoliose.

Le diagnostic prénatal n'est possible dans les familles que si la mutation a préalablement été identifiée chez le propositus.

La transmission du syndrome de Senior-Loken est autosomique récessive.

La surveillance régulière des enfants doit être assurée par un néphrologue pédiatre. Elle implique le suivi du poids, de la taille, de la pression artérielle, du bilan fonctionnel rénal avec les concentrations urinaires et la natriurèse. La prise en charge précoce permet de retarder la progression vers l'insuffisance rénale et de diminuer les complications secondaires. La prise en charge précoce peut retarder la progression vers l'insuffisance rénale et réduire les complications secondaires. En cas d'insuffisance rénale terminale, la dialyse ou la transplantation rénale sont nécessaires. Il n'y a pas de traitement actuellement disponible pour prévenir l'évolution de la perte visuelle.

Le pronostic dépend surtout des complications rénales qui sont les causes principales de décès en l'absence de diagnostic et de prise en charge précoces.