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La prévalence est inconnue. Le syndrome a été caractérisé chez plus de 500 patients à ce jour, et il a été rapporté au sein de plusieurs groupes ethniques de par le monde.

Le SLAI est cliniquement hétérogène et présente les signes cliniques primaires suivants : une lymphoprolifération de type lymphadénopathie, une hépatosplénomégalie avec ou sans hypersplénisme, s'améliorant souvent avec l'âge, une maladie auto-immune impliquant les hématies, et un risque accru de lymphome tout au long de la vie. Beaucoup de patients développent une lymphoprolifération maligne au cours des premières années de vie. L'auto-immunité se présente par une anémie hémolytique, une thrombocytopénie, une neutropénie ou une hépatite auto-immune, de sévérité variable. Ces signes sont souvent absents au moment du diagnostic. L'auto-immunité peut affecter presque tous les organes, ce qui peut conduire à une uvéite, une fibrose hépatique, une gastrite, une colite, une néphrite, une urticaire, une arthrite, ou dans de rares cas, des complications auto-immunes neurologiques. L'évolution de la maladie varie également. Plusieurs sous-types ont été proposés, basés sur les gènes causaux et les types de mutations rencontrées. Ils conduisent souvent à des présentations et des issues similaires. Ils incluent l'ALPS-FAS, l'ALPS-FASLG (gène FAS), l'ALPS-CASP10 (gène CASP10) et l'ALPS-U (anomalie génétique indéterminée).

Le SLAI est causé par une anomalie de l'homéostasie lymphocytaire. Des mutations germinales des gènes FAS (10q24.1), FALSG (1q23) ou CASP10 (2q33-q34) sont associées au SLAI. 75% des cas sont associés à des mutations hétérozygotes du gène FAS. Le deuxième groupe le plus large (10%) présente des mutations somatiques dans le gène FAS, tandis que les mutations CASP10 (2-3%) et FASLG (<1%) sont rapportées très rarement. Plus récemment, un cas d'anomalie ressemblant au SLAI a été rapporté, causé par une mutation du gène PRKCD (3p21.31). Cependant, le patient ne présentait pas de lymphocytes T doubles négatifs (LTDN), et de ce fait, ne remplissait pas les critères diagnostiques.

Le diagnostic repose sur les données cliniques, biologiques et génétiques. Le diagnostic définitif est établi par la présence de deux critères diagnostiques obligatoires, à savoir une lymphadénopathie chronique non maligne et non infectieuse et/ou une splénomégalie, et un taux élevé de LTDN à TCR alpha/béta, combinés à un critère primaire accessoire, incluant un trouble de l'apoptose lymphocytaire et des mutations germinales ou somatiques du gène FAS, FASLG ou CASP10.

Le mode de transmission peut être autosomique dominant ou récessif en fonction de la mutation génétique spécifique.

Des traitements immunosuppresseurs chroniques par sirolimus et mycophénolate mofétil peuvent être nécessaires pour certains patients.

Le pronostic est réservé. Les patients affectés par l'ALPS-FAS ont un risque significativement accru de développer un lymphome Hodgkinien ou non-Hodgkinien à tout âge. Le lymphome répond à la chimiothérapie conventionnelle.