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La prévalence est estimée à environ 1/100 000.

La maladie débute pendant la période prénatale, bien que les signes cliniques, à savoir, une respiration irrégulière (tachypnée et/ou apnée épisodiques) et un nystagmus apparaissent généralement pendant la période néonatale. Une hypotonie peut s'observer pendant la petite enfance. L'ataxie cérébelleuse (démarche titubante et déséquilibre) peut se développer plus tard. Un retard de développement moteur est fréquent. Les facultés intellectuelles sont variables, allant d'une déficience intellectuelle sévère à une intelligence normale. L'examen neuro-ophtalmologique peut révéler une apraxie oculomotrice. Dans certains cas, on observe des crises d'épilepsie. Un examen attentif du visage révèle souvent un aspect caractéristique : une grosse tête, un front proéminent, des sourcils hauts et arrondis, un épicanthus, un ptosis (occasionnel), un nez retroussé avec des narines évidentes, une bouche ouverte (au début de forme plutôt ovale, puis rhombique, et finalement plutôt triangulaire avec les commissures inclinées vers le bas), une protrusion et des mouvements rythmiques de la langue, et occasionnellement des oreilles implantées bas et inclinées. Les autres manifestations peuvent inclure une dystrophie rétinienne, une hépatopathie, une néphronophtise et une polydactylie.

Le SJ est dû à un dysfonctionnement de cils primaires, non mobiles, présents dans la plupart des cellules. Le syndrome est hétérogène sur le plan génétique et, à ce jour, de nombreux gènes et deux loci sur les chromosomes 9q34 (INPP5E) et 11p12-q13 (TMEM216) seraient responsables de la maladie. La plupart de ces gènes codent pour des protéines qui constituent des cils primaires ou pour des protéines régulatrices et des facteurs de transcription impliqués dans leur développement et leur fonction.

Le diagnostic repose sur les données cliniques (hypotonie, ataxie, retard du développement et apraxie oculomotrice) qui doivent s'accompagner de la présence d'un signe distinctif neuroradiologique, dit « signe de la molaire » (ou MTS pour molar tooth sign) sur l'imagerie par résonance magnétique (IRM). Le MTS résulte d'une hypoplasie du vermis cérébelleux et des malformations des mésencéphale et rhombencéphale. De plus, le signe clinique distinctif est une apraxie oculomotrice.

Le diagnostic différentiel vise à écarter les maladies associées au syndrome de Joubert, les malformations du vermis cérébelleux sans le « signe de la molaire » (telles que la malformation de Dandy-Walker), l'hypoplasie cérébelleuse liée à l'X, l'ataxie-apraxie oculomotrice de types 1 et 2 (AOA1, AOA2), les maladies congénitales de la glycosylation (CDG), le syndrome 3-C, les atrophies/hypoplasies pontocérébelleuses, les syndromes oro-facio-digitaux de types II et III et le syndrome de Meckel-Gruber.

Le diagnostic prénatal est possible par le biais d'un test génétique lorsque les deux mutations responsables de la maladie ont été préalablement identifiées chez un membre de la famille atteint. Les examens d'imagerie (échographie foetale et IRM) peuvent faire suspecter la maladie, mais ne peuvent être utilisés pour effectuer un diagnostic prénatal.

Le mode de transmission est autosomique récessif. Le conseil génétique est recommandé s'agissant des familles ayant un enfant atteint ; le risque de récurrence pour la future descendance est de 25 %.

La prise en charge est pluridisciplinaire et symptomatique. Les programmes d'éducation, la physiothérapie, l'ergothérapie et l'orthophonie peuvent améliorer l'hypotonie et réduire le retard du développement moteur. En général, les séquelles neurologiques et l'amaurose ne sont pas progressifs. La détection de la néphronophtise (NPH), qui conduit à une maladie rénale chronique, est particulièrement importante. Elle survient chez environ 30 % des sujets, tous types génétiques confondus (avec un risque plus élevé pour les mutations des gènes suivants : CEP290 (12q21.32), RPGRIP1L (16q12.2), TMEM216 (11q13.1), TMEM67 (8q22.1), NPHP4 (1p36.31 ;1 cas), AHI1 (6q23.3). La progressivité peut également être déterminée par l'association avec une maladie du foie, et en particulier une fibrose du foie qui peut nécessiter une transplantation du foie.

Le pronostic est favorable en cas de formes modérées de la maladie. Chez les patients atteints de néphronophtise (NPH), l'insuffisance rénale terminale survient dans la deuxième décennie de la vie. Les patients présentant des formes plus sévères doivent être pris en charge par un centre de référence spécialisé. La maladie hépatique ne réapparaît pas dans le foie transplanté.