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En comparaison avec les causes classiques (secondaires à un processus expansif intracrânien ou iatrogènes après chirurgie ou radiothérapie cérébrale), l'incidence des hypopituitarismes congénitaux est faible. Elle est estimée à une pour 3000 ou 4000 naissances, même si ces valeurs sont probablement surestimées car certains déficits sont transitoires.

La présentation clinique varie en fonction des lignées hormonales concernées ainsi que de la précocité et de l'intensité de l'atteinte. En l'absence de traitement, les principaux symptômes sont le retard de croissance aboutissant à un nanisme (en cas de déficit en GH), un retard psychomoteur (en cas de déficit en TSH), des anomalies de la puberté (en cas de déficit en gonadotrophines).

Les hypopituitarismes congénitaux sont dus à des mutations des gènes codant pour des facteurs de transcription impliqués dans les premières étapes du développement hypophysaire et qui sont associées à divers phénotypes. Les facteurs de transcription les plus fréquemment impliqués sont PROP1 (déficits somatolactotrope, thyréotrope et gonadotrope, parfois associé à un déficit corticotrope ; hyper puis hypoplasie hypophysaire), POU1F1 (déficits somatolactotrope et thyréotrope, hypoplasie hypophysaire), HESX1 (déficits hypophysaires variables, dysplasie septo-optique) et à un degré moindre LHX3 (déficits somatolactotrope, thyréotrope et gonadotrope ; limitation de la rotation de la tête et du cou) et LHX4 (déficits hypophysaires variables, posthypophyse ectopique, malformations cérébrales).

Le diagnostic de déficit antéhypophysaire est clinique et biologique. Le diagnostic de déficit somatotrope ou corticotrope nécessite l'utilisation de tests dynamiques de stimulation. Les causes classiques doivent toujours être éliminées par la réalisation systématique d'une IRM cérébrale et hypothalamohypophysaire. Le diagnostic génétique repose sur le séquençage direct des zones codantes des gènes des facteurs de transcription impliqués. La sélection du ou des facteurs à séquencer est fondée sur les données clinicobiologiques et radiologiques.

Le type de transmission varie en fonction du facteur de transcription impliqué et de la mutation (récessif pour PROP1 et LHX3, dominant pour LHX4, récessif ou dominant selon les mutations pour POU1F1 et HESX1). Le conseil génétique est donc nécessaire afin de dépister les nouveau-nés à risque et de pouvoir adapter la surveillance.

La prise en charge consiste à substituer chacun des déficits antéhypophysaires observés et à éduquer le patient sur la nécessité de ces traitements au long cours. La surveillance porte sur l'adaptation de ces traitements et le dépistage de la survenue de nouveaux déficits.

Le pronostic est bon, avec un devenir identique à celui d'un patient non déficitaire si le traitement substitutif est pris dès le diagnostic posé et adapté correctement, avec un suivi par un médecin spécialisé.