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La prevalenza non è nota, ma sono stati descritti più di 700 casi.

La malacoplachia può manifestarsi a tutte le età, con un esordio medio attorno ai 50 anni e una maggiore incidenza nel sesso femminile. I casi pediatrici sono rari. Insorge di solito nei pazienti immunodeficienti, con una storia di diabete, trapianto, linfoma, terapia con ormoni steroidei o alcolismo. Nella maggioranza dei casi (60-80%), la malacoplachia colpisce le vie urinarie (vescica, reni, e ureteri). Sono stati descritti pazienti con un'estensione loco-regionale (regione retroperitoneale e linfonodi). Possono essere coinvolti anche altri organi, in particolare il tratto gastrointestinale (colon sinistro, sigma, retto, stomaco), nel 15% dei casi. Altri distretti interessati sono le vie genitali, la cute, il collo, la lingua, i polmoni e il sistema nervoso centrale. I pazienti possono essere asintomatici o presentare sintomi aspecifici (dolore, febbre), che variano a seconda dell'organo che viene coinvolto. Nei casi in cui sono interessate le vie urinarie, i pazienti possono presentare infezioni croniche e urgenza urinaria, disuria intermittente, ematuria e proteinuria. Nei casi in cui è presente un coinvolgimento gastrointestinale, i pazienti presentano diarrea ricorrente, dispepsia, dolore addominale ed emorragie. Quando la malacoplachia colpisce l'apparato genitale femminile possono essere presenti sanguinamenti vaginali. La malacoplachia cutanea si manifesta con papule o ulcere a diversa localizzazione (addome, facies, regione perianale), rash e prurito. La malacoplachia può associarsi ad altre malattie granulomatose, come la sarcoidosi e la tubercolosi, ed ai carcinomi (prostata, colon-retto).

Si ritiene che la malacoplachia sia dovuta ad un difetto nella risposta alle infezioni batteriche. I macrofagi e i monociti mostrano un'attività fagolisosomiale deficitaria, fagocitano i batteri, ma non sono in grado di digerirli completamente. I batteri parzialmente digeriti si accumulano nel citoplasma e producono una reazione granulomatosa delle cellule immunitarie. Si ritiene che l'inappropriata attività fagolisosomiale sia dovuta ad una diminuzione della concentrazione intracellulare della guanosina monofosfato ciclica (cGMP).

La diagnosi di malacoplachia è difficile in quanto non si associa né ad una sintomatologia clinica specifica né a quadri di imaging caratteristici. La diagnosi viene posta in base ai risultati dell'endoscopia, che rivela la presenza di placche o noduli vascolarizzati giallastri o polipoidi bianchi. La diagnosi viene confermata dalla biopsia dei tessuti affetti. L'esame istologico dimostra la presenza di cellule di von Hansemann (istiociti con nuclei piccoli e citoplasma granuloso acidofilo) che contengono i corpi di Michaelis-Gutmann (inclusioni di calcio positive all'acido periodico di Schiff e alla colorazione di von Kossa). Questa lesione è patognomonica per la malacoplachia. I corpi di Michaelis-Gutmann corrispondono probabilmente a inclusioni batteriche calcificate parzialmente digerite.

A seconda dell'organo colpito, la diagnosi differenziale si pone con i tumori primitivi o metastatici, le malattie infiammatorie (sarcoidosi, morbo di Crohn; si vedano questi termini), le infezioni (tubercolosi, morbo di Whipple; si vedano questi termini), e le infezioni micotiche cutanee.

Il trattamento si basa sull'assunzione di antibiotici basati su molecole intracellulari (fluorochinoloni, trimetoprina-sulfametossazolo). La durata della terapia non è ancora standardizzata. Nelle forme pesudo-tumorali, è indicata la rimozione chirurgica delle lesioni.

La prognosi di solito è favorevole. Tuttavia, le ricorrenze e le complicazioni possono insorgere dopo anni (ad esempio, l'insufficienza renale nei casi di compromissione delle vie urinarie).