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Dans la population générale, la prévalence est estimée à 1 : 30 000.

La plupart des personnes qui remplissent les critères du diagnostic biochimique (principalement détectées par le biais des programmes de dépistage des nouveau-nés) restent asymptomatiques. Chez les quelques sujets symptomatiques, les symptômes cliniques apparaissent généralement au cours de l'enfance (entre l'âge de 3 et 9 ans), mais se manifestent parfois dès le 10e jour de vie, ou même au début de l'âge adulte. Les sujets symptomatiques présentent généralement une photosensibilité cutanée (érythème pellagroïde), des symptômes neurologiques (ataxie cérébelleuse intermittente, spasticité, retard de développement moteur, tremblements, maux de tête et hypotonie) et des symptômes psychiatriques (anxiété, instabilité émotionnelle, délires et hallucinations). Chez certains patients on observe des atteintes oculaires (vision dédoublée, nystagmus, photophobie et strabisme). Chez quelques patients une déficience intellectuelle et une petite taille ont également été rapportés. Les symptômes peuvent être exacerbés au printemps ou au début de l'été, à la suite de l'exposition au soleil. Une fièvre, certains médicaments, un stress émotionnel ou physique, peuvent également déclencher les symptômes. Ils progressent alors pendant plusieurs jours voire pendant 1 à 4 semaines avant rémission spontanée.

La maladie de Hartnup est causée par des mutations dans le gène SLC6A19 en position p15.33 du chromosome 5, codant pour un transporteur d'acides aminés neutre B(0)AT1 dépendant du sodium et indépendant du chlorure, exprimé principalement dans les tubules rénaux proximaux et l'épithélium intestinal.

Le diagnostic est définitivement établi par la détection d'une hyperaminoacidurie (par chromatographie des urines). Il est confirmé par l'analyse de la mutation du gène SLCA19 (large hétérogénéité allélique).

Le diagnostic différentiel vise à écarter principalement la pellagre. Les maladies à exclure sont syndrome des langes bleus, l'ataxie télangiectasie, l'hydroa vacciniforme, le pityriasis alba et le xeroderma pigmentosum.

Le mode de transmission est autosomique récessif. Le conseil génétique doit être proposé aux couples à risque (les deux conjoints sont porteurs d'une mutation pathogène) les informant que le risque de transmission de la maladie à l'enfant à chaque grossesse est de 25 %.

Les sujets symptomatiques doivent bénéficier d'un régime alimentaire à haute teneur protéique, d'une protection solaire et doivent éviter des médicaments photosensibilisants. Le traitement inclut un régime alimentaire supplémenté en nicotinamide (40 à 200 mg par jour) Certains patients réagissent positivement à un régime enrichi en tryptophane. Les patients présentant une atteinte sévère du système nerveux nécessitent une prise en charge neurologique et psychiatrique.

Les manifestations de la maladie sont généralement bénignes. La maladie de Hartnup n'affecte probablement pas la grossesse et serait sans danger pour le foetus.