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Nella maggior parte dei gruppi etnici, la prevalenza alla nascita è stimata in circa 1/250.000 - 1/1.000.000. Tuttavia, la malattia è più comune in Slovacchia e nella Repubblica Domenicana, dove colpisce 1/19.000 neonati.

Molti pazienti sono asintomatici e non sanno di avere la malattia fino all'età adulta. Tuttavia, è possibile riconoscere l'aciduria omogentisica sin dalla prima infanzia in base alla presenza di macchie scure nel pannolino. Dopo la terza decade, i pazienti iniziano a sviluppare una pigmentazione anomala della sclera e della cute che ricopre la cartilagine, associata a sintomi muscolo-scheletrici come il dolore alla schiena e la rigidità. Di solito l'interessamento delle grandi articolazioni periferiche si manifesta a distanza di anni dall'insorgenza delle alterazioni della colonna, e spesso esita in una malattia articolare terminale. In genere l'artropatia ocronica periferica è degenerativa. A partire dalla quarta decade, si riduce la mobilità articolare. I pazienti possono presentare anchilosi e fratture delle vertebre e delle ossa lunghe. Altri segni clinici sono le complicanze genito-urinarie (calcolosi renale, vescicale e prostatica) e cardiache (valvulopatia mitralica, aritmie), e l'insufficienza respiratoria causata dall'interessamento muscolo-scheletrico.

I pazienti sono omozigoti o eterozigoti composti per le mutazioni con perdita di funzione (sono state descritte oltre 200 varianti) nel gene HGD, che codifica l'omongetisato 1,2-diossigenasi, un enzima della via catabolica della fenilalanina e della tirosina. La mancata degradazione di HGA ne causa l'accumulo. Il danno ai tessuti è secondario al deposito di un pigmento simil-melanina (una forma polimerizzata del BQA), che ha un'elevata affinità per il tessuto connettivo. Questo pigmento scatena numerose reazioni di ossidoriduzione e induce la produzione di radicali liberi, con ulteriori danni al tessuto connettivo.

La diagnosi viene ipotizzata in base all'esame obiettivo e alle quantità di HGA rilevate nell'urina con la gascromatografia-spettroscopia di massa. Dato che numerosi pazienti non presentano le urine scure, si raccomanda di analizzare i livelli di HGA in tutti i soggetti che mostrano evidenza di osteoartrite sulle radiografie. Le radiografie della colonna vertebrale evidenziano la degenerazione dei dischi associata ad una densa calcificazione, in particolare nella regione lombare. I test genetici confermano la diagnosi.

La diagnosi differenziale si pone con la porfiria acuta intermittente, l'artrite reumatoide, la spondilite anchilosante e l'osteoartrite.

La trasmissione è autosomica recessiva. Se entrambi i genitori sono portatori non affetti, la probabilità di trasmissione della malattia ai figli è del 25%.

Il trattamento è palliativo. La restrizione alimentare (dieta a ridotto contenuto di proteine) porta dei benefici, ma spesso la compliance è limitata. La terapia farmacologica (paracetamolo, antinfiammatori non steroidei) associata alla fisioterapia aiuta a ridurre il dolore e aumenta l'estensione del movimento articolare. I pazienti più anziani possono necessitare della rimozione e della fusione dei dischi lombari. Può essere necessaria la protesizzazione dell'articolazione dell'anca o del ginocchio. Sono state studiate strategie terapeutiche per modificare la via metabolica alterata della fenilalanina-tirosina (ad es. con il nitisinone). L'uso off-label del nitisinone ha permesso di rallentare la progressione della malattia, ma devono ancora esserne valutate l'efficacia a lungo termine e la sicurezza nei pazienti, nonché l'età più adatta alla somministrazione (attualmente è in corso uno studio clinico in aperto e uno studio osservazionale).

L'aspettativa di vita dei pazienti non è significativamente ridotta, ma il dolore può essere costante e il declino funzionale progressivo si associa alla perdita della mobilità; spesso i pazienti necessitano di supporti alla deambulazione (stampelle, sedia a rotelle). Spesso le complicanze cardiache sono potenzialmente letali e possono peggiorare la prognosi.