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Sa prévalence est d'environ 1/70 000.

La maladie peut se manifester chez le nouveau-né par un ictère prolongé dû à une hyperbilirubinémie conjuguée et/ou à des manifestations cardiaques. Les anomalies cardiaques incluent une atrésie ou une sténose pulmonaire, une communication interventriculaire et/ou interauriculaire, une tétralogie de Fallot et une persistance du canal artériel (voir ces termes). La cholestase se manifeste par une hyperbilirubinémie conjuguée, une hépatosplénomégalie, une hypercholesterolémie, une hypertriglycéridémie et une coagulopathie. Un prurit et des xanthomes peuvent apparaître. Les anomalies squelettiques mineures incluent des vertèbres en « aile de papillon » (environ 50 % des cas) et un raccourcissement des radius, cubitus et phalanges. Si présente, la dysmorphie faciale apparaît généralement dans l'enfance et comprennent un front proéminent, des yeux enfoncés dans les orbites, des fentes palpébrales orientées en haut et en dehors, un hypertélorisme, une racine du nez plate et un menton pointu. Les anomalies ophtalmiques incluent un embryotoxon postérieur (75% des cas), une anomalie d'Axenfeld (voir ce terme), une rétinite pigmentaire, des anomalies papillaires ou du disque optique. Un retard de croissance, une malabsorption des graisses (un rachitisme peut survenir) et, parfois, un retard du développement sont présents. Les patients peuvent présenter de petits reins dysplasiques (fréquent dans le SAG2) et une hypothyroïdie.

Le plus souvent, le SAG est dû à des mutations du gène JAG1 (20p12) (SAG1) codant pour un ligand de la voie de signalisation Notch. Le SAG2 est dû à des mutations de NOTCH2 (1p12).

Le diagnostic repose sur le tableau clinique et la biopsie hépatique révélant une cholestase chronique et une paucité des voies biliaires interlobulaires. L'imagerie (échographie abdominale, cholangiographie) permet d'identifier l'anatomie biliaire. Les anomalies ophtalmiques, squelettiques, vasculaires et thyroïdiennes doivent être recherchées. Le séquençage de l'ADN permet de confirmer le diagnostic.

Le diagnostic différentiel inclut l'atrésie biliaire, la fibrose hépatique congénitale, la fibrose kystique, l'ictère néonatal, la polykystose rénale, la cholestase intrahépatique progressive familiale et la tyrosinémie (voir ces termes).

Si la mutation pathogénique a été identifiée, le diagnostic prénatal est possible à partir d'une analyse moléculaire des amniocytes ou des villosités choriales. Les anomalies cardiaques et/ou rénales, si présentes, peuvent être identifiées à l'échographie foetale.

La transmission est autosomique dominante, mais une pénétrance faible (plus de 50 % des cas) et un mosaïsme somatique (~8 %) sont communs.

Le traitement est non-spécifique, il inclut une alimentation riche en carbohydrates et en triglycérides à chaînes moyennes et un complément en vitamines. Le prurit est diminué par la cholestyramine ou la rifampin. Une transplantation hépatique peut être nécessaire en cas de maladie réfractaire. Des procédures cardiaques ou vasculaires sont envisagées pour des lésions significatives.

En général, le pronostic est favorable, mais une cirrhose, une rupture de varices, des ascites réfractaires et une péritonite bactérienne spontanée sont des complications possibles. Souvent, la maladie se stabilise entre 4 et 10 ans. Une insuffisance hépatique et/ou des lésions cardiaques augmentent le risque de mortalité.