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Sono stati descritti oltre 150 casi, confermati dalle analisi genetiche. La prevalenza e l'incidenza non sono note, ma la malattia potrebbe essere sottostimata.

Si tratta di una malattia eterogena dal punto di vista clinico e genetico, caratterizzata da un'ampia gamma di segni clinici maggiori e minori. I primi comprendono il ritardo cognitivo o dello sviluppo da lieve a grave (presente in tutti i pazienti), l'ipoplasia o l'aplasia dell'unghia/falange distale del quinto dito (congenita in quasi tutti i pazienti) e l'aspetto grossolano del viso (che di solito si manifesta nel tempo). I dismorfismi facciali caratteristici comprendono le sopracciglia folte e le ciglia lunghe, la sella nasale ampia, la bocca larga con labbra spesse e anteverse, e le anomalie della posizione o della forma delle orecchie. Le caratteristiche cliniche minori comprendono la bassa statura, il ritardo della crescita, le difficoltà di alimentazione, la microcefalia, i segni oculari (cataratta, ptosi, strabismo), le cardiopatie (difetti del setto interventricolare/interatriale, tetralogia i Fallot, pervietà del dotto arterioso), l'ipertricosi (braccia, viso, schiena) e i capelli radi. Altri segni clinici minori sono l'interessamento neurologico (malformazione di Dandy-Walker, semplificazione delle circonvoluzioni, agenesia del corpo calloso, crisi epilettiche, ipotonia), la sordità, la lassità articolare, le malformazioni genitourinarie e renali e le infezioni ricorrenti. Il ritardo dello sviluppo e la scoliosi esordiscono nel periodo neonatale o durante l'infanzia.

Sono state individuate mutazioni eterozigoti o riarrangiamenti genomici, ritenuti responsabili della malattia, nei seguenti nove geni (elencati secondo un ordine decrescente di frequenza): ARID1B (6q25.3), SMARCA4 (19p13.3), SMARCC2 (12q13.2), ARID1A (1p36.11), SOX11 (2p25.2), DPF2 (11q13.1), SMARCB1 (22q11.23), SMARCE1 (17q21.2) e ARID2 (12q12). Questi geni codificano le subunità del complesso BAF, coinvolto nella regolazione dell'espressione genica durante lo sviluppo.

Ad oggi non esistono criteri clinici coerenti a supporto della diagnosi, che di solito si basa sulla presenza di un segno clinico maggiore e di almeno un segno clinico minore, ed è confermata dall'analisi molecolare dei geni-malattia. Recenti studi hanno dimostrato che l'ipoplasia o l'aplasia dell'unghia/falange distale del quinto dito non è un segno clinico dirimente per la diagnosi. Sono state descritte alcune microdelezioni nel gene ARID1B.

La diagnosi differenziale si pone con la sindrome di Nicolaides-Baraitser, il brachimorfismo-onicodisplasia-disfalangismo, la sindrome DOOR, la sindrome iperfosfatemia-disabilità intellettiva, la sindrome di Borjeson-Forssman, la sindrome di Wiedemann-Steiner, la sindrome di Rubistein-Taybi e la sindrome di Cornelia de Lange. La sindrome fetale da idantoina può ricordare la sindrome di Coffin-Siris.

Dato che la maggior parte delle mutazioni origina de novo, di solito non è disponibile la diagnosi prenatale.

Nei casi correlati al gene ARID1B, la trasmissione è autosomica dominante, ma la maggior parte dei casi origina da mutazioni de novo. Si raccomanda la consulenza genetica per le coppie nelle quali un genitore è portatore della mutazione patogenetica, per informarle della probabilità del 50% di trasmettere la malattia ai figli.

Il trattamento è sintomatico. Si raccomanda la terapia occupazionale, la fisioterapia e la logopedia. È necessario un attento monitoraggio dello sviluppo e dell'alimentazione; i pazienti devono inoltre essere sottoposti a controlli oculistici e audiologici regolari.

La prognosi è sfavorevole nei pazienti affetti dalle forme gravi, che sviluppano la polmonite da aspirazione e crisi epilettiche durante l'infanzia. La malattia può associarsi a tumori, compresa la schwannomatosi.